あまくさ様、
大変ご丁寧なアドバイスをありがとうございます。こちらにまとめて返信させていただきます。
もう少し詳しく言うと、主人公は「会話している3人」とは異なる理屈で動く社会の構成員です(話はファンタジーです)。たとえですが「犬と猫」のような感じです。なので、片方の理屈がわからないのは、決してもう片方の知性の低さを意味しない、と考えています。
二つの社会に共通する問題があり、二つの社会の構成員たちが共闘して、問題を克服します。しかし、全てが綺麗に解決したわけではありません。この会話はその後のエピローグにあたるのですが、これは会話している3人が属する社会の問題(サブプロット)であり、主人公側の社会にとっては「なんのこっちゃ」です(しかし、このサブプロットの解決が、ゆくゆくはより大きなレベルで主人公側の社会に良い影響を与えるので、希望を示唆するエンディングとして、できれば入れたい会話、となります。
主人公は、「これは大切な話で、良い話である」くらいは理解します。その上で、ご指摘いただいたように「主人公がいない場面での大切な会話」がやりたいので、主人公に聞かせるしかなくなっている、というのはその通りです。なので、「一発でわからせる」というのは大切な心がけだと思いました。そこで、言葉でなく、共通で見ればわかる、小道具を併せて使うことにしました。ちょっとうまくいきそうな気がしています。視点を与えてくださってありがとうございます。