エピローグなんですね。それなら、ありかもしれません。その会話が主人公の行動に（ただちには）つながりにくそうな点に疑問を感じたのですが、エピローグというのは行動の山場は一段落ついた後の余韻作りなので、問題ないような気もします。

わりとしっかり考えられているようなので、これ以上口を出す必要はないのかもしれませんが。
乗りかかった船なので「このあたりは、どうなのかな？」と思うところを一応置いていきます。

主人公（Ａ）と３人（Ｂ）に種族的な異質性があって、そのために行動原理や目的意識の隔たりが大きいという感じでしょうか？
その場合、読者とＡ・Ｂとの距離感がどうなっているのか少し気になりました。
言ってみれば読者は現代日本社会（Ｃ）という種族に属しているわけで、これはＡ・Ｂどちらに近いのでしょうか？
エピローグの会話は読者には理解でき、主人公には理解できないとのことだったので、ＢＣは近く、ＡＢは遠いということになりますか？　そうするとＡＣも遠いということになる気がしますが、そういう遠近法でいいでしょうか？

結局、最初の書き込みで述べた疑問に戻ってしまうのですが、終盤の段階で読者と主人公の認識や気持ちにギャップを作っていることが気になるんですね。それこそバッドエンドなら別として、物語の終盤では読者と主人公の心は一つになっていた方がいいと思うからです。
ですから３人の会話が主人公に理解できないのなら、むしろ読者にも理解できない方がいいような気がします。

＞このサブプロットの解決が、ゆくゆくはより大きなレベルで主人公側の社会に良い影響を与えるので、希望を示唆するエンディングとして、

＞「これは大切な話で、良い話である」くらいは理解します。

そういうことであれば、大丈夫かもしれないと思いますよ。

分からないけれど、何となく分かる。
そこに一筋の希望を感じさせる。

これはやや高等技術気味ながら、エンディングとしてはありだと思います。そういう感覚を読者と主人公に共有してもらった方がいいのではないかと。