質問が漠然としすぎていると私も思いますが、示されている情報から何とか考えてみます。

まず出発点は「主人公が障害をもっている」ですから、物語の目的は「その障害を克服する」にするのが自然です。
主人公は「叡智の泉」に行けば障害が克服できるのではないかと考えます。そう考えた理由は、旅の途中で得た情報からかもしれないし、あるいは彼（彼女？）の故郷にそんな言い伝えがあったのを思いだしたのかもしれません。

ダンジョンは主人公が「叡智の泉」に到達するのを険しく阻む存在になるでしょうが、ストーリーを面白くする要素になるはずですよね？　このダンジョンの中での経験や出会いに伏線を仕込んでおくのがいいかもしれません。
苦心の末に到達した「叡智の泉」は主人公の望みをかなえてくれず、実はダンジョンの中で見つけていたのに気づかなかった「何か」が本当の救いへのヒントだった、みたいな。

質問が抽象的なので抽象的にしか回答しにくいですが、ストーリーの基本的な方向性の一例です。