読ませていただきました。
作者自身がそういう課題を感じてる以上は、読者に伝わってない何かがあるのかもしれないけど、私は別に、何も引っかかるところはありませんでした。
普通に良作だとしか思わんかった。

＞・テーマに飲まれている
テーマに飲まれてるかって言ったら、たしかに終始テーマ一色だけど、短いんだしテーマ自体が「誤解と信念」みたいな形のないわかりにくいものだし、テーマについてのみ集中する書き方は正解じゃないかな。
もっと自然にというか、風呂敷を広げる書き方をしたら短編から中編くらいのサイズになっちゃうと思う。
とてもわかりやすい形でコンパクトに上手くまとまってる、という印象のほうが強かったかな、私は。

＞・ストーリー上主人公に都合の良い人物たちが登場しているように見える
引っかかるとしたら、たぶんこのあたりが原因になりうるのかな、と個人的には思う。
というのも、主人公をディスった美人の後輩とか使えない先輩とか、このあたりの話が中途半端で、まさにこのストーリー上の役目があってその役目のために存在している、という形になってるから。
ただ、私がそこにさほど引っかかりを感じなかったのは、例えばこれがシリーズもので２話目があるなら、その１話として今作品での後輩と先輩の露出度は妥当だし凄く良い塩梅だと思うから。
まあ別にシリーズではないんだろうとは思うけど、言い換えると「次があるんじゃないかと思わせてくれた」とも言えるので、このサブキャラモブキャラの話題の中途半端さ加減は、私の感性には丁度よい感じだった。
サブやモブと思わせないくらいにはそれぞれのキャラのバックグラウンドが書かれていたというのが良かった。

＞・「主人公を救うためだけに書いたストーリーを読まされている」
いや全然感じなかった。

＞・この尺であれば、主人公が報われるのは、最後の最後。ほんの一、二行だけのほうが収まりよかった。
「収まり」は別に変わらんと思う。
ついでに言うと、別に主人公が報われてる感じはしなかった。昔のことを思い出して、当時のわだかまりに答えを得た、というだけで、報われる、つまり当時のわだかまりに対して相応のものが返ってきた、というストーリーではないと思う。亡くなった患者との交流も少ないので彼女に救われたという感じもなかった。
例えば、あくまで例えばの話だけど、この後２話目で美人後輩視点で使えない先輩から指摘されて主人公を誤解してディスってしまったと悩んで誤解が解ける話を書いて、３話目で使えない先輩視点で主人公の人間性と自分もまた誤解していた的な内容で総括すれば、先輩と後輩を主人公の過去話の兄と妹になぞらえて、こっちも回収出来て収まりよく〆られると思う。
まあ、それは私個人の妄想でしかないので何もシリーズを望んでるわけではないのだが。
「収まり」で言えば、やはりこの先輩と後輩の存在が中途半端だからじゃないかなと思うので、最後の数行でまとめるのであれば、この両名は特色を消してもっとモブにしたほうが良いと思う。
ただ、前述したけど、私個人としてはモブっぽくないバックグラウンドが逆に良かったと思うし、別に収まりが良くないとも感じないけども。

一応スレッドの主旨に再度答えると、別に作為的とは思わなかったし、テーマは色濃いが飲まれてるとは感じなかった。
強いて言うなら亡くなった患者さんとの交流がほぼ無いので、ラストで主人公が感傷に浸ってる部分がほぼ共感できず、共感があるとすればテーマの誤解に対する主人公の回答の方だった。
これをかなり極端な言い方すれば、ストーリーに共感せずテーマに共感した、という感じだろうから、もしこれに思うトコあって改稿するのであれば、
先輩後輩はモブ化して患者さんとの交流を増やせば解決するのではないかなと思う。
物語構造的に言えば、クライマックスやオチの部分から逆算してそこに共感が集まるよう演出のチョイスをするべきではないか、という感じじゃないかな。

でも再三書くけど、個人的には先輩後輩のモブじゃない感は場合によっては良いと思うので、表現したいもの、表現方法の選択次第ではないかなと思う。
私が書いた妄想では、２話３話と続いたらこれもう主人公と後輩と先輩の人間関係がメインの話になっちゃうからね。たぶんそれは作者的に違うんだろうと思うし。