自分自身としても興味深い題材であったので。

一つは手短、かつ要所要所にゴブリンが人間と相容れないタイプの種族だとする事、ゴブリンスレイヤーが同じ路線を取っているので受け入れてもらいやすいとは思います。
まさはる様も名前を挙げられていた「クウガ」のグロンギはまさしくゴブリンやオークと同様かそれ以上に限りなく人間に近い種族だったにも関わらず、結局根本的な価値観の違いから相容れず五代自身も不本意ながら殲滅する結果にならざるを得ない結末を迎えていました。
より短く端的に似たような流れを辿ったのがティガのガゾートですね。
まさはる様の作品の主人公が異世界に行くまでどんな敵と戦ってきたかは不明ですが、もしこのグロンギに近い存在ならばある程度主人公が和解を試みてみるも、結局その辺の事情がわかってきて「結局こうするしかないのか」ともどかしくなりながらも殲滅を決意する、みたいな流れになりそうです。
この辺にどう決着を付けるかは経歴もそうですが、主人公の人となりが現れる所でもありますね。

もう一つはゴブリンやオーク、ひいては異世界に現れる魔物全般に「殲滅する事を正当化できる設定」の付与。
平成ガメラのギャオスよろしく「どこかの高度な文明が人類の天敵になる生き物として設計した生物兵器である」など、兎角尋常な生き物ではない殺人それ自体が目的とする事です。
それを結構早い段階で主人公側に周知させれば、何れ躊躇なく倒すようになっても割と気にならないと思います。