＞つまり、実際には錬金術みたいな事をする能力です。
だとすると、その能力で品種改良をしていけばいいだけなんで、芋っぽい食べ物があるならこんにゃく芋でもサツマイモでも作れるようになると思うよ。
正確には「サツマイモを作った」のではなく「サツマイモに近い性質の異世界芋を作った」という事だけど、料理に使うだけなら同じことだしさ。

あと、そういう能力なら、そもそも「一般的に食料と思われてないモノ」を食べられるようにして、その料理を作るって感じにしたほうがいいんじゃないの。
例えばニンジンなんて昔は赤いゴボウみたいな細くて苦い野菜だったでしょ。主人公が根が赤い植物を見つけて「これってニンジンでは？」と思い、錬金術で糖度を上げたりして我々が見知ってるニンジンの形にする。その植物は異世界では薬草として知られているもので食用にするようなものではなかったから、たいへん驚かれ喜ばれた、とか。
ハンバーグあるならグラッセつけてもいいしさ。

つまり、「もともと異世界にある食材かどうか」ってのはあんまり関係ないんじゃない？　その設定だと。
＞②生命（生き物）の創造の禁止
とあるから、発酵食品全般が主人公の苦手とするとことで、調味料でも味噌や醤油は麹を使うから作れないだろう。
逆にそれを主人公が認識していて読者にも伝わっていれば、「異世界の田園で天然麹菌を見つけた」とかって展開も一個のストーリーになるわけで。

それと、これは揚げ足かな……いやでも結構引っかかるから書いておくと、
＞矛盾を出来るだけ防ぐ為に、さつま芋は生命（生き物）ではなく食べ物とする事で、②生命の創造の禁止の抜け道を突いています。
＞主人公は、作成したさつま芋から苗を作ったり、種芋にして最初の栽培をして増やします。
要するに、牛の死骸は生命じゃなく肉の塊です、って理屈と同じだと思うんだけど、じゃあその肉を使って牛を繁殖させましょうって無理じゃん？
「モノ」として生み出したサツマイモを種芋にして栽培するってのは無理があると思う。
ひょっとしたら引っかかってるの私だけかもしれんので、そういう意見があるよって事で。