「設定」だけで考えると、挙げられた二つ以外では
信頼できる第三者からの認定、くらいしか思いつかんかな。
癖が同じとか性格が似てるとかそういう状況証拠を積み重ねる形で確定まで持ってくことは出来るけど、手間かかるし、それって「可能性が高い」以上にはならんしね。
個人的に似たような状況でツボったのは、ワンピースのロビンの幼少期のエピソード。
特に特定できるものも何もないんだけど、娘がほぼほぼ勘で「おかあさんですか?」って言ったシーンはグッと来た。
親子だからこそ、そこには明確な証拠なんていらんのじゃないか、そのほうが親子感が描写できるんじゃないか、というものね。
設定じゃなく、演出や物語で解決させてしまうのが好きかな。