はじめまして、何てかこうか？と言います。
同じようなシーンを書いた覚えがあるので、父親と母親の差はありますが、私のパターンを書きます。

最後の一押しとして使用した物証は、
国の国外渡航管理の記録と娘の誘拐犯の証言、
母親の執事の観察眼です。

私の物では母と娘の再会なのですが、
父親の場合は出生に時間差ができても、母親だと出産というイベントを経るので、
娘の髪の色、瞳の色は知っている状態でした。
加えて娘がさらわれるときの情報も母親が知っていたため、
この点は大きな差になると思います。

サタンさんもおっしゃっていましたが、公的記録は結構重要で、
カイトさんのパターンでも娘の出生記録、父と母の離別の記録、
母と娘の血縁を証明する記録、そこから推定できる妊娠時期等で理詰めで９０％ぐらいまでは行けるんじゃないでしょうか、
後は、ブラックジャックでもあったんですが、一族の特徴的な、短指症などの固有の症例、
実際のハプスブルク家の青い血等、血統証明につながるものが一つ提示できれば良いかと思います。