ラノベの能力なんてどうハッタリを利かせるかだから、多少矛盾があっても良いと思うんですがね。

矛盾させたくないなら、能力を「主人公にやらせたい最低限のことができる」程度に絞った方が楽ですね。検証する対象が狭いので。
そしてそこから、主人公になったつもりで「この能力をこう使えば、こういう事もできるんじゃないか」と考えて出来ることを広げていく。
特に
＞「いかにも禁止事項に引っかかりそうな事を、どうやって矛盾点を突いて可能にするか」
を考えるなら、禁止事項をキッチリ読者に伝えておかないと面白味が伝わらないわけですよ。
いきなり「〇〇は禁止事項だけど主人公は賢いので突破してます」だと読者から見ると禁止事項が無いも同然。
であれば、作中で主人公が色々考えて出来ることを増やしていく形の方が伝わりやすいんじゃないかなと。

制約に関しては、「世界法則としてこうだから」より主人公の内面に依存させておく方が後々成長させやすいかなと思います。
特に物を作る系の能力だと「知らないものは作れない」が既存作でもよくつかわれる制約になりますね。
これだと研究して知ったり、知っている人を仲間に加えたりという流れで出来ることが増えるので成長がわかりやすい。
「家作りたいけど、構造が良く分からないから、ちょっくら大工に弟子入りするわ」
また「なんで〇〇が出来て××が出来ないんだよ」というツッコミも「いや、〇〇は良く知ってるけど、××は知らないし」で回避できて便利。「なぜ〇〇の事をよく知っているのか」の理由を深堀していくとキャラ付けにもなりますしね。

つまり、ジャガイモ変換してサツマイモ作れるけど猿を変換して人間を作れないのは、主人公が転生前にサツマイモをよく食い、育てた経験もあるからで、人間は食うのはもちろん解剖すらしたことないから作れない。そして、それだけサツマイモに触れたことのあるサツマイモ大好きっ子だからこそ「町興し？　じゃあまずサツマイモだな」という思考に至ったと。