＞ただ、こうなると今度は、
＞「死体と生きた動物をかけあわせる事が出来てしまうのでは？」
＞と、違うツッコミが入るかなと。

以前書いた事を繰り返してしまうけど、設定だけで状況を想定しないほうがいいですよ。
そんな事を言ったら、つまり「主人公はそんなことするような、それこそハガレンのキメラを作ってたような人物なの？」って話ですから。
そのハガレンで言えば、同じ錬金術師で人体や生体に知識があり母を蘇生しようとした過去のある主人公も、作ろうと思えばキメラを作れてしまうのでは？　って話でしょ。
だから、
＞「死体と生きた動物をかけあわせる事が出来てしまうのでは？」
の答えは、出来るけどそんなことする必要がないし、しようとする主人公ではないからしないよ。
って感じなんじゃないでしょうか。

ぶっちゃけ「生命を作れない」の設定と同じことなんだけど、設定で「出来ない」と定義する必要はないんですよ。
記憶や知性がどうなるかわからんから怖いしやらない。
牧畜のために生み出すのであれば、そもそも「生きた動物」がいる時点でソレを牧畜すりゃいいんだから必要がない。
食肉のために生み出すのであれば、掛け合わせる意味がない。
スレ主さんが考えてる物語も世界観もわからんから適当だけど、やるとしたら、例えば「人間になりたい精霊・魔獣」とかに人の身体と合成してどうのこうの、みたいな感じだと思うけども。