私が思い出した映画では「ラスボス」ではなく「裏切者」でしたけど、突然終盤で登場した人物が「実は…」みたいな展開はありましたね。

私が気が付いた押さえどころとしては、以下のとおりです。
１、「何か事件が起きる」
２、「裏切者は、１の事件とは直接関係ない立ち位置（読者にはそう見える）で、序盤に登場させる」「裏切者が不満に思っている何かを匂わせる（伏線）」
３、「中盤の最後で、裏切者がいるとわかる。裏切者へのヒントを出す」
４、「主人公が中盤の最後らへんで明らかになった理由でピンチ」
５、「最後らへんで突然裏切者として、序盤に出てきたキャラが登場する」
６、「裏切者が主人公の敵となった理由を述べる（２の伏線が必要）」

これをラスボスに置き換えると、使えるのでは？って思いましたけど、
何か足りない点や間違っていた点がありましたら申し訳ないです。

あと、個人の意見ですし、合わなかったら流してくださいね。

参考になった映画を言えればいいけど、ネタバレになりそうだから、控えておきますね。