＞・1）本作は「異世界転生もの」ではありません。
＞　⇒異世界転生者がいるなら異世界転生モノだと思ってました……。

異世界転生がウケる理由は、以下の二つだと思います。

１）読者と主人公をシンクロさせやすい。

異世界の住人を主人公にしたファンタジーは、その世界の事物や常識を読者に伝えるのが難しいという問題点があります。転移・転生ものは主人公が読者と常識を共有する現代日本人なので、そこの処理が容易なんですね。単に分かりやすいだけでなく、主人公と読者の距離が近く感情移入をしてもらいやすいのもポイントが高いです。

２）主人公のチート設定が楽。

主人公は科学技術の進んだ現代の知識を持っている。
転移・転生時に神様から特殊能力を与えられる。
この二つがテンプレ化しているため、チート設定がすんなり受け入れられる土壌が確立しています。

で、１・２共、主人公が転生者でなくては成立しないことは、お分かりかと思います。
したがって、転生者がいれば転生モノには違いないでしょうが、それですと現在流行している転生モノとは根本的に形が違うのです。

＞・2）この作品で「異世界転生もの」が好きな読者にウケる見込みはほぼありません。
＞　⇒ウケるといいなぁ、と思ってました……。

「異世界転生モノが好きな読者」にはウケないだろうと書きました。「異世界転生モノに食傷している読者」にはウケる可能性があると思います。

＞・4）しかし以上のことは、御作の大きな長所になっている可能性があります。
＞　⇒流行というか、大きな流れに少しでも乗れていないと作品としてどうなのかな、と自信を持てずにいたので……正直、意外です。

中途半端に流行を取り入れるのが、時には逆効果になるという意味です。「流行というか、大きな流れ」に乗りたいなら、スレ主様がそれを好きでも嫌いでも、全振りで王道テンプレを取り入れる開き直りが必要です。

＞「輪廻のリンネ」：最初のシーンで妹のリンネが出てこないのが痛い……。

案外、これ、良いタイトルかなと思いますよ。語感は悪くないし、マンガ原作者の小池一夫さんが「マンガのタイトルは主人公の名前を入れるとヒットする確率が高い」と言っていたのを思い出しました。リンネは主人公ではないかもしれませんが、同等以上の重要キャラだと思いますし。

＞⇒妹の不遇と、転生という現象は繋げておかないと駄目でしょうか……？

ん～。

スレ主様の意図とは違うのかもしれませんが、繋げないなら妹を転生者にする必要がないような気が。単にラスボスの悪意で不遇になっている普通人でもストーリーが成立するのではないでしょうか？

・転生者が幅をきかせる世界。

・転生者に煮え湯を飲まされた過去を持つ非転生者の主人公。

・なぜか能力を発揮できない転生者の妹。

こういう３点セットで揃っているので、当然、何か繋がりがあるのだろうと想像してしまうのは私だけではないんじゃないかと。
そういう想像って、作者が意図していなくても、読者には「きっと何かの伏線だろう」と思われてしまうことがあるんですよ。したがって、何らかの着地点を作ってやらないと拍子抜けされてしまう恐れがあるので注意が必要です。

＞転生という現象に対する回答は少なくとも本編内（ラノベの1巻～1.5巻レベルの文量）では書き切る予定がなかったです。

「本編」が１～1.5巻であっても、続編があるなら、全編の最後に回収すればＯＫだと思います。ただし、その場合は１～1.5巻の最後に何か引きを作らないと、伏線未回収と思われてしまいます。

＞この作品、原案時点ではスケールは大きかったのですが、描くことが多くて散漫になりそうだったので縮小した経緯があります。

せかっく原案のスケールが大きかったのなら、それを縮小してしまうのはお勧めできません。ただ、それを一気にまとめ切るのが無理だと感じたなら、取りあえずの一区切りとして１～1.5巻に小さめにまとめてみるのはアリかと。理想としては大きなスケールの「予感」を表現できるといいですね。
続編ありきはダメだという意見もよく聞きますが、そこまでの起承転結をきっちりつけてあれば大丈夫だと個人的には思います。
そのためにも、プロットは大切です。