通りすがりで、失礼。作品についても、天皇制の議論についても詳しくないので、ちょっと的外れかもしれませんが質問してもいいですか。
　その作品では「天皇制」はこっちの世界とほぼ同じものだけど、世界観として神的存在等が実在していて、かつその世界の天皇陛下自体は「神的存在の子孫かつ歴史的経緯あって現在はただの人間」ということなんですね
　その世界の「天皇制」は「神的存在との関りに天皇としての君臨の根拠がある（例えば子孫だから預言的なものを受け取れる、毎日の祈祷で本当にある程度稲作がうまくいく等）」という「ファンタジー的な魔術王の名前が天皇」という状態ではなく、そのまんま今の象徴としての天皇制と同じものが機能しているという感じなんですね。
　しかし、「魔術師サイドは古事記・日本書記を事実としている」という話をしていましたが、そのうえで彼らと話して主人公が「象徴天皇制」を批判しなければならない場面というのはなんなのでしょうか。魔術師サイドはなにか理由があって象徴天皇制を支持していて、その反論でしょうか。
　日本書記や古事記や風土記などの神典群の内容が実際にありうる世界なら、「三大神勅」等が、宗教ではない物理的な効力を発揮することになりえますし（神との約束を守ることが五穀豊穣につながるなど）、それを（恐らく実際の魔術を駆使できる）魔術師サイドなる人々が支持しているとなると、彼らにとっては「象徴」ではないわけで、その相手に「象徴天皇制批判」をするのはどういうことなのでしょうか。
設定によっては我々の世界の天皇制論争と無関係なものとなりえるのではないでしょうか。それだからといって天皇陛下関連のタブーワードに引っかかる危険は避けがたいかもしれませんが、少なくともその点わかりやすく説明できれば理解を示してくれる人もいると思うので、ひどい炎上にはならないのでは・・・甘いかもしれませんが。