まず書いておくと、クドリャフカさんがハマったという小説に書かれていた『これはモラハラじゃないか』って言うのは完全に拡大解釈だと思うよ。今の流行からは少しずれるけど、内面描写さえしっかりできればツンデレキャラはまだまだ現役だと思います。

　ラノベ以外のツンデレキャラについてはイマイチ詳しくないけど……。
　ツンデレキャラ衰退の理由の一つは、なろうやアルファポリスの異世界ものにみられる『主人公を誉めまくる・全肯定する』ヒロインの存在にあると思います。

　ラノベは元々中高生向けであり、『甘酸っぱさ』みたいなものの酸味寄りの幅が広かったと思います。ですが、『社会人が読むネット小説・ネット漫画』を入れた時に、『疲れた大人の癒し』という一面もあって広まった『全肯定ヒロイン』が切っ掛けとなり、逆に『主人公に当たりの強いヒロイン』の扱いが悪くなったのかなぁ、と感じています。

　また、それとは別に『ハーレム展開』や『複数ヒロインによる恋の駆け引き』みたいなのがメインストリームに躍り出たために、ツンデレキャラの内面を描きにくくなった・尺不足の結果『あたりの強い』側面がクローズアップされてしまうようになったと感じています。

　その上で俺の考えを言うと、『2～3人以下の少数ヒロイン』かつ『主人公の価値観として、ハッキリ一人を選ぶことが読者にもわかっている』上で、『ツンデレキャラの両面性を描き切る尺の余裕がある』なら書いてもいいかな、って感じ。
　この場合の両面性って言うのは、『つんけんした態度をとるシーン・その理由』と『ちゃんとヒロイン/主人公が好きで、デレるシーンもある』っていう二つの面ね。

　正直、ツンデレキャラそのものが『自分に当たりが強い相手がデレる』っていうギャップを楽しむものなので、一番最初に『ストレス』が来るわけです。だから、心に余裕が無い時は結構ダメージを受けてしまうし、心に余裕が無い人にとっては低評価な作品になりがちです。
　ただし、罵倒語としての『チョロイン』という言葉もあるように、『じゃあストレスが無いヒロインが良いのか』と言えばまた違う訳で。（現在ではネタ的用法が普通ですが、『ちょろすぎてつまらない』というのが元の意味です）

　日本人全体が疲れがちな現代なのでツンデレが敬遠されがちなだけで、『デレ』の部分さえ丁寧に描ければ、きっといい作品になりますよ。