パワハラにしろモラハラにしろ、ハラスメント行為をするキャラクターの何が問題だと感じているのでしょうか？　まずそこを自身の中で整理してみては。
あるいは「読者にそう思われてしまう」って事の何が問題だと思うのか。
私は別に何も問題はないと思うし、「モラハラだ」と指摘されても「そうですね。お互いに好意がなけりゃそういうシーンだと思います」で終わりだと思う。
スレ主さんの中で、何が問題だと思うのでしょうか？

ほんで、
＞しかしこれがツンデレに当たるのが微妙です。ツンデレでは無いかもしれません。
そもそもが。
おそらくスレ主さんがイメージしてるツンデレ像が本来のツンデレじゃないです。
ツンデレというのは、「ツンツン」してるキャラクターが出来事を切っ掛けに「デレデレ」してくる、というストーリー展開が元にあって、その展開の中心にいるキャラクターを指して「ツンデレ」と言ってました。
そしてそういうキャラクターというのは得てして「素直になれない」「勝ち気でプライドが高い」「不器用で真面目」といった性格である事が多く、そういった性格のキャラクターが主人公に好意を持っていると「ツンデレ」と言われるようになって、
そっから更に、好意を持っていないとしても「素直になれない不器用なキャラ」が「べ、別にアンタのためじゃないんだから」とかツンデレ的ワードを使うと、それだけで「ツンデレ」って言われるようになった。
この頃になると「ツンデレ」というのが一種の記号になってしまっていて、おそらくスレ主さんがイメージしているのはこの記号のツンデレだと思う。
でも釘宮理恵がツンデレ声優として全盛期だった頃だと、たぶん世代的に記号になる前のツンデレも知ってると思うけども。

ほんで何が言いたいのかっていうと、「◯◯デレ」という単語はいくつかあるけど、ヤンデレとかシンデレとかクーデレとか中でも走りの「ツンデレ」だけが、「ツンツンしてる → デレデレになる」という展開の流れを表してる言葉なんよね、ってこと。
次いで有名なヤンデレでさえ、「病んでるキャラがデレてくる」というだけで、デレてるときも病んでることに変わりないわけで、展開を表現してはいないんだよね。

だから、
＞暴力を降ったり怒鳴ることはなく少し素直になれないというものです。
別に「暴力」や「怒鳴る」に限らず、ツンツンしてなけりゃ、それはツンデレにはならないし、「素直になれない」が、例えば「主人公には露骨に棘がある態度に見える」とかなら「ツン」が表現できるから、それはツンデレになると思う。

記号化された「ツンデレ」は、例えば「助けてくれなくても大丈夫だったんだから！　……で、でもお礼は言っておくわっ！」とかツンとデレをほぼ同時にやるから、キャラクター性に変化が起きづらく安定してツンデレらしさを書ける（これは結構な発明）のだけど、一方でツンデレキャラに多様性が失われてしまって、ほぼ同じようなツンデレキャラしか出てこなくなってしまった。

一方で本来の「ツンデレ」は、そもそも「ツンツンしてるキャラクター」がその本質で、エロゲヒロインにしろラノベヒロインにしろ展開上恋愛が絡んで、結果的に「デレ」が出てきている、というだけなんよ。
例えばスケバンみたいな硬派不良少女とか、何らかの理由があって主人公を憎んでるヒロインとか、主人公（ないし男あるいは他人全般）に対し当たりが強い、というのが本来の「ツンデレ」におけるキャラクター像。

なので、記号化されたツンデレ像とは違うのであれば、本来のツンデレの書き方をすりゃいいだけかなと。
その場合、ポイントは「ツンツンしてるキャラクター」を作れてるかってとこですね。作れてりゃ、あとは恋すりゃ勝手にデレるから。その切っ掛けを考えりゃいいわけで。

で。
そもそも「ツンツンしてるキャラクター」を書いているというのに、その「ツン」の演出に対して「ハラスメントだ」ってコメントは的外れだと思いません？
そういう一見してモラハラパワハラに見える展開しなきゃ「ツン」が書けないから書いてるのに、ハラスメントもクソもない。そういうシーンですけど、何か。という話じゃないかな。

＞それにツンデレは最近ウケないし嫌われることがあるしアニメでも見かけることは少なくなったので、やめようか迷っています。
好きなら書いたほうがいいよ。
「おれはこんだけツンデレが好きなんだ」「ツンデレのこういうところが良いと思わないか」と、そう伝わってくるようなのを書いてくださいな。