最近、なろう、カクヨム発の書籍化作品を読むことが多いので、それを踏まえた見解になります。
個人的には、
「10万文字以上などの規定文字数内で作られた一冊で完結する新人賞の作品」
と
「web連載されている作品を書籍化した作品」
は、表現方法、効果的な見せ方が違うという印象を受けています。

スレ主さんのご友人の仰っているweb小説の文字数の話は、その通りだと思います。
実際、なろう、カクヨム発の書籍化作品は1話3000～4000文字ていどのシーンを最後まで連ねている印象です。

一方の、「一冊で完結する新人賞の作品」はそうではありません。
目的が規定内できちんと起承転結を作ること、物語として完成・完結していることなので、一つのシーンで何文字という縛りをあまり感じないんですね。
結果として突出した面白さがあれば、それでいい。

この二つのパターンがあったとして、4万文字を越えられているという、スレ主さんの作品はどちら寄りでしょうか？
どちらが優れているとは言いません。
大事なのはご自身の作りたいものが、どちらの性質に向いているかです。
1～3話の文字数は書かれていますが、それ以後はどうですか？
6000文字だったり、8000文字だったりするのに、無理やりweb小説の形式に合わせると、作品の味がなくなってしまう可能性があります。

なので、個人的には自分がその二つのどちらの表現方法で作った作品を新人賞へ応募したいのかを、まずはっきりさせた方がいいと思います。