＞・軍の目的は魔物の掃討及び主人公（人外です）の抹殺。邪魔になるものは子供だろうが野生生物だろうが無差別攻撃で焼き払う。
＞・作戦終了後は島を占領して基地を作り、今後の侵攻作戦の補給路にする。

これのどちらが主目的なのかによるのではないでしょうか？

前者が主たる目的ならば、（人道的な問題を別にすれば）敵味方もろともの皆殺し作戦も有り得るかもしれません。
しかし後者に重きを置いているならば、味方に大きな損害を与えかねない攻撃は愚策でしょう。島を占領する段階では歩兵が必要で、船と艦砲だけ残っても役に立ちませんから。

したがって艦砲射撃の運用として合理的に考えられるのは、

１）上陸前支援

２）上陸後、戦況を見ながら臨機応変に、味方の被害を最小限に抑えられる場合のみ小規模に使用

３）第２派の後続部隊が用意されている場合のみ、第１派の上陸部隊の犠牲を想定した上で徹底的に敵を蹂躙し、その後無傷の第２派により島を占領する。

などが考えられそうです。

３の場合、上陸部隊を囮にして敵を見通しのよい海岸におびきだすなどの作戦も有るかなと。森林を利用したゲリラ戦を展開されるのが一番厄介だろうと思われますから。

なお、途中で触れた「人道的な問題」は、現代と中・近世の人権意識の違い、平時と戦時の違いがあるので、考慮に入れませんでした。
また、物語の演出という観点から、仮に「目的のためなら手段を選ばない」という敵を想定しているとしたら、３を選択するのが効果的かもしれません。非情な言動は仮にそれが作品の世界観に合っているとしても、読者の印象は良くないでしょうから。
そのへんも考慮して決めるのがよいかと思います。