うーん、正直『別に主人公が警察官/警察に協力する組織でも良いんじゃね？』とは思ったけど。

　警察だろうが自衛隊だろうが在日アメリカ軍だろうが言える事だけど。

①政治家や警察・軍隊が『正義の味方』とは限らない。
　→彼らが見逃しているからヒーローが好き勝手出来る
　→権力者・政治家の中にヒーローから裏金を貰っている人間が居て、彼らが（政権転覆のため）ヒーローを国会に呼んだ。（ヒーローを利用しているつもりでいる）
　→そもそも、『悪の組織』を名目に秘密警察などを作り、ファシズム的な国家をつくるつもりだったが、敵わなかったのでヒーローを利用した。

　などなど。ま、最後のはネタ回答ですけど、『警察や自衛隊が正しい事をする』必要はないですからね。汚職、賄賂など。良くある話です。

②そもそも、警察や自衛隊の手に負えないから、ヒーローが出て来たのでは？
　→つまり、そのヒーローに警察や自衛隊が敵うはずがない。
　→銃のように、『没収』という手段が通じるものと違い、ヒーローの能力は奪うことが出来ない・奪うことが出来るものが居たらソイツが『最強』になってしまうため、どちらにしても対応難易度が高い。
　→細かい設定にもよるが、『身一つでスーパーパワーを発揮できる』ような場合、一般人との判別がつきにくいため、そもそも常人では対処できない。
　→根本的に、防御力が高すぎて銃弾が通用しない。

　などなど。そもそも、『警察や自衛隊の手で何とか出来るんだったら、ヒーローは要らないよね』という話です。

③政治家・警察と比較して、ヒーローの人望が（チンピラの存在を含めても）高い。権力が腐って居たり、あるいは無能すぎる場合。
　→要は、権力が腐敗した世紀末状態なわけですが。まあでもその場合、『そもそもその国会守る必要ある？』ってなっちゃうか。ただ、『腐った政府を倒して新政府を樹立したけど、相変わらずヒーローが好き勝手やってる』場合は別。
　→治安維持にヒーローを利用しようとした挙句、迂闊な真似（裏金・幼少期からの洗脳教育）などで都合よく利用しようとした。しかし文春砲食らった。
　→どこぞの馬鹿がヒーローを利用して政治転覆をはかったが、転覆後にヒーローに殺され、『ヒーローが裏で糸を引いている政権』と『それに対し反発する別のヒーローの勢力』が戦っている。

　などなど。個人的に一番好みの奴です。腐った政権、腐ったヒーロー、腐った警察。三つ巴の状況を、無能力者と一部の心あるヒーローがぶっ潰す展開。

　こんな感じで、アイデアを出してみました。
　参考になれば幸いです。