すみません、私からは多分これで最後にします。レスはお気遣いなく。

ディックまで行ってしまってよいなら、並列処理はありかもしれません。現実と非現実が錯綜して境界がわからなくなるのが、ディックの醍醐味ですからね。

システムについては、マインクラフト風だとやっぱりソーシャルゲーム的なものの方が相性が良いと思うんですね。
そこで、二つの技術系統があることにしてはどうでしょう？
一方では本格的な「第二の現実」を作る研究が極秘に進められています。もう一つはソーシャルゲームの一種として普通に開発されているのですが、システムのアルゴリズムが偶然類似していたためにネット上で混線してしまうみたいな。
ストーリーの発端としては、極秘研究の開発者がゲーム会社に特許権の買取を打診しに来るエピソードなんてどうかなとか、妄想したりしました。