件のスレッドでも言っていた事を繰り返す形になりますが、読者からの人気というのは不特定多数の心の在り方であり、本質的にはなるようにしかならない問題です。
極端な話上でも度々話題になっているジョジョならヴェルサスを一方的に有罪にした判事やウェカピポの妹の夫みたいなほぼモブであったりとか、訳の分からない事が往々にしてあるものですから思い通りにしようとするのは諦めた方がいいです。

何故過去編をしたら人気が出たのかというと、何よりその人物の人となりというのが分かるからなんですよね。
今回話題にしている二人に関して言えるのは、とてもじゃないがあまり心理的な部分が見えて来ない、役割やロールプレイの話に偏重しがちに見える所です。
ミレーヌはどうして主人公にここまで構うのか？ベアトリクスはどうして男嫌いなのか？これを設定でなく現行のエピソードでそれとなく散りばめるのが一番です。

だいぶ横道に逸れるのですが、かなり前のスレッドで話題に出ていた「学園モノの最強キャラとしての」旧ベアトリクスについては自分が如月様ならどうするか勝手ながら色々と考えていたんですよね(今回出てきた方の「新」ベアトリクスは実質的に同名の別人のようなので)
基本的には「なんでそんなに強いのか」と「そんな彼女が困ってる事って何だ」という命題でした。
そうして思いついたのは「諸事情から母がやらかした不倫で出来た子で、ベアトリクス自身に全く落ち度はないが家庭内の不和の元凶になっており、特に父と出来の悪い兄からは『お前さえ生まれて来なければ』レベルの事を言われた」で、強い理由としては不倫相手の血筋&待遇がちょっとでも良くなる事を願って努力した結果、そして「ごく普通に両親に愛情を注がれただけ」のエリカに内心羨望を抱いている…みたいな。
この場合ベアトリクスに生えてくるのは「実は頑張り屋で愛情に飢えている」という内面的な話の補強になります。

力や立場というのはキャラクターを構成する一要素であるのは確かですが、それが全てではないのですよ。