しょうじき、なんの先入観も無い人に読んでもらって「○○が分かりにくい」とか「ここ読みにくい」とかを訊いてみるの良いと思います。

コツはネタへの否定は基本スルーすること。それでいて「分かりにくい」や「読みにくい」の根本原因を意識する事かな？
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個人的に駄目だしさせていただいた事がある例だと

①キャラクター設定を作者の脳内で「理想化」しすぎていて、理想にキャラ本質が食われて、キャラが理想どころか「ご都合主義担当のギミック」になっているよ！？

②作者の頭が良すぎて、難しい設定をスルーしすぎ！！読者サイドの根本的な理解が置き去りよ！？

③伏線や前振り、オチを前提にしすぎて、本編が無自覚になおざり！！
伏線ギミックの挿入が不自然だったり無駄に長々した前振りを入れすぎ！！
　読む前にストーリーが先読みできてしまう、先読み前に飽きてしまうねんで！？

④せっかくの知識が物語とリンクしていない！！設定は紐づけされるくらい物語と結びつけるか、完全に切り離しても成立するくらいテンプレート化して欲しい！！

⑤物語のテーマと見せたいキャラ設定が噛みあっていない。どっちか控えめにして欲しい

⑥結果より過程がだいじ。ユニークなアイデアをテンプレ展開で埋めるな。専門知識を貯めて戦え

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を伝えた事あるけど、いまのところ②しか相手に理解してもらえんかったわ_(┐「ε:)_

わたし説明下手なんで。怒らせたり「え？ごめん言っている意味わかんない」で流された。③の人なんてなろうランキング上位にのっちゃったから、よけいに引けなくなってそう。
　前に改訂版ひやかしにいったら前に「ここ良いと思う」私が言った部分を、まるまる削除して伏線マシマシで書き直ししまっていたし。
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文章の不自然さは個人でどうにかなりますが①～⑥は本人の努力や作品愛があるほど見えなくなってしまう部分なので、作品への愛情の無い他人に、そこを見てもらえると便利です。