Webでは読みやすさを重視してそのような空行を多用する方法が取られています。
本来は「読みやすさ」で多用するものではないし、日本語の文章の作法としては間違いです。
しかし、日本語の文章として正しく記載すると画面が文字で埋め尽くされ、液晶画面では非常に読みにくいです。
液晶画面は紙媒介の本とは違って、眼と文字までの距離が遠い、表示範囲が広い、画面が光ってるので目が疲れやすい、と様々な理由で「読書」には向きません。
このため、本来は改行しない場所での小まめな改行（あまり長いと次の行がどこだか目で追えなくなる）や普通はシーンが変わるときにしか使わない空行を多用（文章で一つの塊を作って把握しやすくするのが目的。シンジさんが質問内容の書き込みで３回空行入れたのと同じ理由）することで、長文でも読みやすくなるよう工夫されています。

文字と目の距離が遠い事に関しては文章に塊を作ることで認識しやすく。表示範囲が広い事に関しては改行を多用する。目が疲れることに関してはどうしようもないけども。
そうした工夫によるWeb独自の発展から、現在のWeb小説の形が出来ています。
なので、書籍版では従来の通りの作法になっています。
改行を多用するのはもともとラノベは多用しがちだからそれほど修正されないけど、空行の多用は紙媒介には不向きなのでほとんど修正されています。

Webなりの工夫は、おそらく「なろう」で自然発生的に生まれたもので、発生以前、SAOなど５年以上前の作品では紙媒介の作品と同じ作法で書かれていました。
このように「読みにくくても読み続ける」ほど魅力がある作品であれば問題ありませんが、Webで発表する以上はWebで読みやすいように工夫するのが良いでしょう。

質問内容からズレるので余談になりますが、液晶画面は読書としては向かないものの、Webには紙媒介にはないWebなりのメリットもあるので、そういったものも十分に活かしていくと良いと思います。