私はエンタメしか知らないので、エンタメ作品を前提に話を進めていきます。

創作で行き詰まった際、私なら問題点は何か理解するために解消する方法を調べて試行錯誤します。

求められる完成物があまりにも漠然としているなら、あくまで私ならですが、その先生が担当した過去の卒業制作を読みまくりますね。それでどういった作品を先生は求めているのか把握します。
また、読み手の好みがあると思うんですよね。この場合、合格を出すのは先生なので、先生の好みを知らないと、先生から合格はもらいづらいかなって思ったので、過去作から私なら研究すると思います。
先生の好きな話はこんな感じだから、似たような傾向の話を書けばいいかな？って私なら考えます。

あと、指摘の意味を理解することに努めます。
先生の指定が、「400字詰め原稿用紙50枚以上の長編あるいは短編小説を提出」なら、『短編集は「雨」をテーマにした話で、400字詰め原稿用紙に換算して40数ページくらい書けています』『1)短編集なので主人公はバラバラで、それぞれ接点もありません。』という状況なら、先生の提示された条件を守ってない気がするんですよね(気に障ったら申し訳ございません）。
「400字詰め原稿用紙50枚以上の作品」で「構成」が指定されているように感じるからです。なので、雨をテーマにした短編を集めて指定の枚数を満たしても、全体で起承転結がないなら指定された構成を満たしていないので、合格は出ないのでは？と思いました。
そういった不安があるので、そもそも短編集で問題なかったのか、先生にご確認された方がいいと思いました（今さら先生に聞きづらかったら、私なら過去の卒業制作で短編集があったか確認します）。

また、スレ主様が短編を集めた作品を書いているので、もしかしたら先生は「400字詰め原稿用紙50枚以上の作品」という指定をスレ主様が満たせるように「短編連作」を想定して指摘を述べられたのでは？と私は推測しました。
短編連作の基本は、全体で起承転結を作る(変化が起きている)ことだと、以前何かで読んだことがあります（違ったらごめんなさい）。なので、何か「変化のテーマ」を決めて、そのテーマに基づいて各話を書き、全体の最初と最後で変化するように構成を考えます。恋愛なら二人の関係性ですかね。
小説の舞台と登場人物は同じで、各話で取り扱う話題は違うけど、背景で二人の関係性が変化していくと、まとまりが生まれると個人的に思います。それが上手くできていると、「話の繋がりがない」という感想は出にくいのでは？って個人的に思いました。

盛り上がりがない（山場がない）と指摘されるのは、エンタメの作品ですと作中で何も問題が起きてない場合が多い気がします。
例えばですが、冒頭で何かトラブルを起こして、主人公を慌てさせ、主人公が何か動いて事態が進展して何らかの方法で解決できるような流れだと、山場が作りやすい思いました。
もし山場や盛り上がりについてピンとこないなら、作品をあらすじ化して、どんなふうに話が展開しているのか分析した方が、ただ小説を読むだけよりは理解しやすいと思います。

あと、新規で書くと締め切りに間に合わないなら、私なら過去に趣味で書いた長編作品を今の実力で書き直して提出するかな？って思いました。入学前に書いたものとかないですか？

自分のことを棚に上げて色々と書きましたがあくまで個人の意見ですので、合わなければ流してくださいね。何か参考になれば幸いです。