私の場合は、登場人物は「役」で考えてます。
問題を持ってくる役とか話を進行させる役とか問題をかき混ぜる役とか問題を解決させる役とか。
一人一役ではないので、問題を持ってきてかき混ぜるキャラとか話を進行させて解決させるキャラとか一人でいくつもの役をやってもらうことはよくあるし、逆に 不良グループのバカ三人組 にトラブルメーカーをやってもらうような３キャラに１役を与えることもあります。
こう、物語に対してキャラクターの役で考えるとキャラクターの調整がしやすいので、増やしたり減らしたりが容易になります。

まずここで
＞あまり登場人物を増やすと読者が混乱するかもしれないから、
という話題に触れると、
登場人物が多いと覚えきれないのは事実ですが、そもそも読者はキャラクターのプロフィールを把握したいわけではないし、それを覚えてキャラクターを記憶したというわけでもない。
では、読者はどのようにキャラクターを覚えるかというと、まあこれは持論もあるし私がそう思うというだけのことだけど、読者は「何をしたか」でキャラクターを覚えるのではないかと私は考えている。
例えば「クラスで一番可愛い女の子と教室で普通に談笑する」というシーンと、「クラスで一番可愛い女の子が突然奇声を上げて二階の窓から飛び降りた」というのでは、印象はだいぶ違う。
これはちょっと極端なのでインパクトが強すぎるけど、「ハブられてる主人公に唯一優しくしてくれる子」とかでもいい。
というのも、人は何かを思い出せなくて思い出そうとするとき、特徴から思い出そうとする。「えーと、ふわふわしててヒゲがあってニャーって鳴く……そう、猫！」みたいな。しかし、小説は文字だけなのでビジュアル的な特徴は印象が薄いので、同じようにキャラクターを思い出そうとするときは、「ほら、誰だっけ、序盤で奇声あげて飛び降りたヤツ」といった感じになったりする。
こうした「行動」があると思い出しやすくて、その行動が「物語の切っ掛けなど話に関わってくる行動」であると、読んだ読者はまず覚えている。
それがたったの数ページないし数行の出来事だったとしても。
つまり「物語に対してどういう役を持ってるか」が覚えやすいのだろうと思ってる。

それは同時に、「複数の役柄が同時に出てきて複数の役を演じる」とか「何の役なのか把握できないキャラがワラワラでてくる」とか、そういうシーンは確かに把握しにくくて混乱します。
でも例えば、「問題を起こした主人公を、騎士団が捕らえにきた」って感じのシーンでは、「問題を起こした主人公」と「捕らえに来た騎士団長」と「騎士団長を補佐する数名」とかで認識できるので、たとえ騎士団や騎士団員が全員名前ありのそこそこ重要なキャラたちだったとしても、このシーンはこの３役だけ覚えられれば問題ないので、３役を中心に書けばどれだけ多くても混乱は少ないです。

ようは「キャラクターを覚えられるか・把握できるか」ってのは、個人的には「その物語で何をした人物か」というのが明確であれば覚えやすいので、
私の場合は、覚えて欲しいキャラクターにはまず「何か」をさせます。
その「何か」を読者が覚えてれば「何かをした人物」のことも記憶しやすいので、それでキャラを覚えてもらう行程は済んだと考える。

ほんで、えらい長くなっちゃったけど、
＞あまり登場人物を増やすと読者が混乱するかもしれないから、最初は登場人物を絞ろうという考えがあり、そのような構成にしたのですが。
その考え自体は良いと思うし、正確には読んでみなきゃわからないので何とも正しいことは言えないと思いますが、
あくまで個人的には、という話で答えると、
読者にキャラを把握してもらうためだけに４万文字使うのは、ちょっと長いかな。
キャラの多さ少なさじゃなくて、長いと思う。

キャラクターの数そのものの話をすれば、私の考えでは「役」を考えるので、主要な役を全部主人公がやれば長編小説で「主人公」と「それ以外のモブ」で十分に成立させられると思います。
エンタメ的には、たぶん３～５人が適正だと考えられてると思うけど、そこはどういう話を書いているのかどんな作風なのか実際読んでみないとわからないし、私みたいな顔もみえないヤツの意見を真に受けず、とりあえず４万字までキャラ二人のまま書き上げて読者の反応を確かめ、実験してみるべきだと思う。