こんにちは
ストーリーと一口に言っても小説なら短編長編、シリーズものや読み切り。他にも学園ものや異世界転生もので使われるストーリーをとっても内容は様々ですね。
また漫画には絵があります、映画やアニメには映像があります、文字で表現する小説とは違い、絵や映像でしか表現できないストーリーを使った有名作が世の中には多くあります。まずはすべてのストーリーを一緒くたにしないことです。
あなたが使う道具が小説なのか絵なのか映像なのか、自分がこれから使おうとする道具にあったストーリーに意識を向ける癖をつけましょう。

設定を思いつくということはその設定を活かした面白い場面だったり、書きたい場面が思いつくようであるなら。その場面に繋がる時系列で前と後をつけてみてください。
例えば、放課後の教室で主人公が告白する場面を思いついたとします。
教室に入るまでの放課後までの主人公の行動や生活。告白の後で教室からでていった主人公の動きだったり。
作者はすべて知っているかもしれませんが、他人（読者や視聴者）には背景を伝えなければ理解してもらえません。自分が思いついた面白いと思った場面の前と後を考えそれらを書きます、こうして繋げることで簡単ですがストーリーが出来上がります。

何かの参考になれば幸いです。応援しています。