それは劇中劇（作中劇）の重要度によるのでは。構想されているストーリーのどこにポイント（本筋）があるのか再確認してください。それに絡むかどうかで扱い方は変わります。

あらすじを拝見しますと、１・２・３のうち２は笑わせるためのネタ程度で本筋ではないように思われます。本筋になりそうなのは１か３のどちらか。ただ、１はアイデアとしては面白いですが、劇中劇《新人女官伝》との関係は薄いように思います。３の方は《新人女官伝》と直接つながっているので、１は前振りで、３がストーリーの肝と捉えるのが自然です。
仮にそういう比重であれば、《新人女官伝》は会話の合間程度で処理するのは少し不足ではないかと思います。起承転結のどこに置くのが最適かは内容次第なのでわかりませんが、ある程度まとまった叙述は必要になりそうだと思いました。

なお、余談ですが。

前の書き込みでもちらっと触れましたが、皇后が投獄されてしまうという展開に少し疑問を感じないでもありません。喜劇基調のドタバタ展開の一環としても、背景としてこの物語の中の皇后という身分がどういうものなのかという基本設定はなおざりにしない方がよいような気がします。

一般論としては、近代以前の君主の立場は法よりも上位にあるのが普通ではないかと。古代や中・近世にも「法治主義」の思想は存在したでしょうが、それはあくまで君主が民衆を支配するにあたって専制的権威や武力を用いるのではなく法律の原則によって行うという意味です。君主が民衆を一方的に支配することには変わりはなく、法律は支配のためのツールでしかありません。君主が用いるツールなのだから君主自身に向けられることはなく、君主も法によって裁かれるという観念はかなり近・現代的なんじゃないかと。
なので、君主やその家族は権力構造が安定している限り法で裁かれることはないように思います。陰謀や権力抗争などにより処刑されることは有り得ますが、そういう場合、法律は厳正に執行されるのではなく、単なる口実として使用されるだけかと。
したがって、皇后が投獄されるというイベントは仮にドタバタ展開として導入するにしても、一応シリアスな背景は示しておかないと不自然に見えてしまうのではないかと思いました。