違和感についてということで。
身も蓋もないですが、そもそも牢獄の幽霊について皇帝が調べたいと思ったのなら、単に調べろと命ずれば良いだけなんじゃないの？　と思ってしまいました。

なので、一案として牢獄の幽霊の噂を気にして調べたがっているのは腹心の誰かとか若い神学生とかにして（適当）、そこにさらに複数のキャラの別々の思惑が絡み合うという展開はどうでしょうか？
皇帝は皇后が奔放すぎることに手を焼いて、何かお灸をすえる方法はないか考えています。
それから、ちょっと腹黒の皇族とかがいて、皇帝と皇后の評判を落とそうと狙っているとか。

すべてが一つの計略だったとするよりも、全員の思惑が少しずつずれて思いがけない方向に転がっていく感じにして、ノリと勢いで押し切った方がいいんじゃないかなと。