個人的に、どんな機体が良さそうかはやはり作者が最後まで親しみやすいものがいいと思います。なので、最終判断はそれを忘れずに。
敢えて機体の設定を提供するとしたら。
主人公パイロットが女性であれば、少し機体に愛嬌を持たせる為、AIとかを搭載している機体がいいのでは。基本の機体動作から通信、パイロットとの会話が出来る機械じみたい感じより、少し人間味があるAIがいいかもしれません。
または、手や肩に乗れる大きさのAI動物系小型ロボットが居て、そいつが機体のコックピットで合体して機体を操縦出来たりなどワンアクセント付けるのもいいかと。

あとは、機体スペックとしては、初期はボロボロで錆びついた骨組みが所々むき出しな古臭い感じがいいのでは。廃棄上で捨てられてたり、どこかの軍事基地や研究所で眠っていた、または大戦中に壊れて捨てられたと、設定に合わせて機体との出会いや機体状況を変えるのもいいかと。
そして、物語が進むことで機体パーツを購入や見つけたり、または元々その機体の武装やアーマーを手に入れ、それを装備していく感じ。
また、バージョンがいくつもあるのも設定として使いがいいでしょう。ずっと同じフォルムや武装だと飽きてきたりするので、陸援用の重武装や高機動白兵戦用装備、狙撃用武装、遠距離用装備、空中戦用の軽量かつ高速機動用のユニット、水中用のアクアユニットなど様々な武装やアーマーで切り替えれるバリエーションを考えたらどうですか。