はじめまして。非常に高度な質問ですね。

実を言うとストーリーが同じような感じになること自体は、さしたる問題ではないのです。
たとえばこち亀やゴルゴ13、ドラえもんなんかです。
ワンピースも途中の過程は違えど、ルフィが敵をぶっ飛ばすという雰囲気的な部分は変わりません。

問題なのはどういうストーリーを見せたいか、それが書いてる内容と一致しているかです。

爽快感を感じてもらいたいのですか？　それとも頭脳戦を展開したいのですか？

主人公と話の軸をしっかり作れば、変化はさほどに求められません(もちろん質が伴う必要はありますが)

まずは一度、自作の強みを思い返してみましょう。