これは、私個人の経験上の話ですが。基本、なろうをはじめネット投稿にある長編ものを読む際、新しく作品を見つける基準として１話につき、約５０００文字以上目安いで見ています。（短編や小説より会話、説明などのページは省く）
理由は、５０００文字未満は文章が分かりづらい書き方や短絡的なものが多い傾向があり、読む意欲が減ったりやイメージがし辛いことが多いからです。
大抵の、書籍化までしている作品の多くは、５０００文字以上で平均的ページの範囲は５０００～９０００文字の範囲が多いです。（１ページ６００文字としておよそ８～１５ページ程）中には、１万文字を超える方もいます。
１シーンを書くのに、最低でも３０００文字以上はかかることは多いです。
例えば、主人公が敵と戦うシーンでも間に会話はあるでしょう。しかし、戦闘シーンは会話だけでなく主人公と敵の動きから周りの状況、互いの心理や身体のことをより分かりやすく書くことが必要です。小説は、アニメや漫画と違って本人達や周りが全く不明なので、それを文章により分かりやすく書くには多くの文章を書く必要があります。作者や作品によっては、敢えて書き過ぎないよう控えめに書く方もいますが、それそれで短くてイメージがしやすい文や状況を用意しているからです。
質問の
「小説を書く際、一話一話の長さが分からなくなってしまう時があります」
これについては、書く際どのような書き方をしているかによります。
例えば、ネット投稿に直接書く場合は、文字カウントや全体的な文章や会話の量が分かりにくい時があります。作者によっては、Wordなど文字数や全体表示が見やすくできるツールを使った書くので、そういったものを使った方が、把握しやすいです。

「自分は一話5000文字の感覚で書いているのですが、一話で長過ぎるのも良くないという話を聞きました。」
シーンや話によります。例えば、プロローグやエピローグは余り長くてはいけなくて、大体少なく場合は５ページ位なので、文字数で約３０００文字です。
他に、シーンを細かく場合。
（一般のラノベや漫画で１話ー１、１０話Aパート１）など１話１話を分割して書く場合は無論少なくてもいいです。
実際、書籍化した作品で出版した方は、１話５０ページ分（３００００文字）だったのがWEB掲載では分割して５ページ分毎（３０００文字ずつ）に書いている方もいます。

あとは、自分の作品１話１話の文字数について。このシーンからこのシーンの話は何文字なのか見極めてから書いた方がいいですね。
書籍化しているプロでまだWEB掲載されている話を読んで、このシーンからこのシーンまでは、これだけの文字を使っている。その文章は、どのようにこのシーンを表現して書いているかを見て自分の作品を書くのもいいでしょう。