１について

＞どうして２個分の話でこうなったかですが、元々は序章から３章までが１巻の内容でしたが、間の話が余り無いこと分かり、２巻目以降にやりたいネタを持ってきて、ある程度続く感じに１巻目と２巻目を修正しました。全く異なったというより、少し違和感があるように思える感じです。プロが読んだらおそらくあぁこれ２巻分を１巻に集約したなと思われるのではないでしょうか。

いえ。
１巻の内容だけでは規定枚数に届かなかったので、２巻を追加して胡麻化そうとしたと思われるでしょうね。
新人賞はあくまで１巻分の内容を過不足なく揃え、一つのストーリーとして書き切る力があるかどうかに注目されるのではないでしょうか？　御作の構成では説明を読む限り、そういう能力に欠けていると看做されてしまう可能性が高そうです。なので、少なくともウソップ回はいらないでしょう。１～３章、または１～７章をふくらませて１巻完結の形にまとめるのがベストかと。

＞ストーリーの流れを考える悩みとして、どうやら私の作品を考える際、長編もののアニメや漫画のような構成や流れで考える傾向があるようで、ラノベをはじめどうしても１巻のみできっちり終わる作品の考えが中々出来ないようです。

そこに一番の問題がありそうですね。ご自分で気が付いていらっしゃるのなら、そこから直していく方向に目を向ける方が有益ではないかと思います。

＞信長が産まれてから桶狭間を１巻として、それで新人賞という認識です。

重要なのは、ストーリーの目的と結末（１巻分の）をセットで考えることです。

信長はまだ実力が未熟だったころに父に死なれ、若輩の身で領地を背負うことになって桶狭間まではかなり苦闘するんですね。そういう困難な過程を経て、桶狭間で到底勝ち目がないと見られた今川の大軍を撃破することによって、家臣の信頼を得、武田や上杉からも一目置かれるようになります。したがって、ストーリーの序盤で提示された困難を克服し、信長の成長を表現する到達点として桶狭間はうってつけではあります。

しかし、それは目的と結末の組み合わせを構想する考え方の問題なんですね。
やや極論すれば、桶狭間よりもずっと早い時期の、例えば信長と斎藤道三の会見をラストにすることも可能です。信長に嫁いだ道三の娘との関係性をストーリーの主軸にして、悪名高い道三に認められることを目的に据えれば、ストーリー的には十分ありです。

＞または、新人賞に出す１巻は、連載作品の１巻目から最終巻をまとめたものにしないといけないということでしょうか。

そんな必要はありません。
１巻で（一応）完結させる構成ということが、もう一つイメージできていないようにお見受けします。
１巻でラスボスを倒さないなら、そもそも１巻にはラスボスを登場させなければいいのです。存在くらいは仄めかすとしても、どこか遠いところにいて当面の主人公の境遇と関係なければ、別にそいつを倒すことを目標にする必要もないでしょう？　ラスボスの手勢に村を襲われ家族を殺されたなどの状況を作れば、家族の仇討ちや村の開放をストーリーの目的にすることもできます。

＞また、新人賞作品に１巻から終わりまで全て書くとして。もし受賞し連載が決まれば、それをバラして新しい１巻目から書いていくことになるのでしょうか。

バラして複数巻に書き直せるような壮大な内容なら、それを１巻にまとめること自体に無理があります。なので、上記のように１巻相応の一応の結末をつける方向で考える方がよいでしょう。
その場合、いわゆる「俺たちの戦いはこれからだ」的なエンドになってはいけないわけですが。
例えば『スター・ウォーズ』の一番最初の劇場版を思い浮かべてもらえれば分かりやすいかな？　あれは確か人気が出なければ１作だけで打ち切る予定だったんじゃなかったかと。だから、皇帝は倒さないけど、一応終わった感はあるように作られていたと思います。また、あの時点ではダース・ベイダーの正体なんて匂わせてもいませんでしたよね。匂わせてしまうと絶対終わらなくなってしまいます。
そういう匙加減ですよ。

２について
ワトソン型と書いたのは語弊があったかも。言いたかったのはその構想だと主人公視点では書きにくいはずなので、視点の軸を他のキャラに置く必要があるということです。
その点についてちゃんと考えられているのなら、無しではありません。

＞仮に１番目の質問でした通り、新人賞の１巻分に最終まで出す場合は、一気に主人公については出さないといけない上、ヒロインとも親密にしないといけない感じでしょうか。

繰り返しますが、そもそも投稿作に最終巻までの内容を詰め込む必要はないので。ヒロインについても、まあ、１巻の最後には親密にさせる方が受けがいいというのは普通の考え方でしょうが、それは主人公とヒロインの関係性をどう作っていくかという別の問題です。

３について

プロットとしてちゃんと計算した上での急展開ならかまわないし、むしろそういう要素を入れる方が盛り上がると思いますよ。
ただ、思い付きでやっちゃダメよ、という話です。

４について

何度も繰り返しますが、１巻で完結させるということは、最終巻までの内容を詰め込むという意味ではありません。
その上で、１巻で提示した伏線はすべて回収べきです。

５について

＞新人賞ですので、敢えて予定していた伏線を省いて、１巻で収めて書ける分だけの伏線を書くというようにした方がいいでしょうか。

当然、そうなります。

＞また、その場合もし連載になったら１巻はどのみち修正して新しい１巻に仕上げるので、予定していた伏線に戻すのもありですか。

それは受賞してから編集部の方と相談してください。