こんにちはかふぇおれさん、左野冠と申します。

　主人公側のキャラクターやストーリーが思いつかないそうですね。
　私もよくその状態に陥ります。私の場合ヒロインはすぐに思いつくのですが、ヒロインが好きすぎるのか、主人公がいつもなかなか思いつかないのです。
　というわけで、そういう私個人の経験も絡めながら回答させていただきたいと思います。

　結局は、
1：主人公の方向性を変える（この場合は、悪役を主人公にする）
2：主人公のアイディアが浮かぶまで頑張る
のどちらかになりますね。

　1は要するに、立ってるキャラを主人公にするということ。ストーリーがなんとなーく決まっていたり、悪役をガチ悪役として造形していたりしたら難しいかもしれませんね。
　悪役主人公だと、ダーク味が追加されてなかなかおいしいものです。一方で、悪役として作ったキャラを主人公にするのには、心理的抵抗が大きいと思われます（私個人としては）。かふぇおれさんはどうでしょうか。

　2は1が無理なときに使います。というか、私は余程のことがない限り2を使います。1の主人公変えについては、私は悪役でやったことがないです（私の能力がないだけかもしれませんが）。

　私のよくやるやり方としては、
1：まず薄っぺらかろうがなんだろうが主人公の性格を無理やり決める（仮決め）。
2：世界観とすり合わせる（この時点でアイディアが出ることもある）。
3：もう立ってるキャラとの短編（長編の一部でもよい。セリフだけのいわゆるSSのようなものでもよい）を書こうとする。
4：話させているとしっくりくるところこないところができてくる。
5：しっくりくるところだけ取り出してそれに合う性格や過去を世界観と照らし合わせながらくっつけていく。
　という感じです。結局まあ自分でひり出さないとどうにもならないので、無理やり考えないといけない状態にして間に合わせ間に合わせでやっているうちに思いつく、みたいな。だいたいこのやり方です。
　ときどき、あと一人くらい追加したい！　と思うときは、周りのキャラの性格や欲望を書き出して、空いているところに落とし込むこともあります。

　薄っぺらいのはやっぱり作り込む前だと仕方がないと思うので、無理やりにでも考え続けるというのが、私個人としてはおすすめですかね。