「幽霊モノは難しい」じゃなくて、「出尽くしてるネタは難しい」です。
幽霊を題材にしてヒロインとすると、最後はヒロインが成仏するか成仏せず主人公の側にいつづけるかの二択しかない。愛の力で蘇るラストもあるから三択か。
この時点でラストの選択肢が狭いことがわかるでしょう。
更に主人公だけにしか見えないというのもテンプレで、非常によく見ます。というか、コレも「それ以外に選択肢がない設定」でしょう。
主人公に見えなかったら話にならないし、他人にも見えると幽霊である意味がほとんどない。
このように選択肢が狭いと、当然ながらそこで出来ることも限られるので、つまり「ネタが出尽くしてる」というわけです。
なので、正確には「ネタが出尽くしてるから、幽霊モノで新しいことをするのは難しい」という意味ですね。
王道やテンプレに沿った話なら、当然ながらさして難しくありません。

明るい雰囲気なら、「主人公にしか見えないヒロインとなんやかんやあって、主人公にしか見えない理由が判明し、最後は主人公以外の主要人物にも見えるようになって皆が別れを言って成仏する」がテンプレというか王道でしょうか。
例としては「あの日見た花の名前を僕達はまだ知らない」というアニメでしょう。
かなりヒットしましたが、ド直球で王道テンプレです。
ヒットした理由は、幽霊を題材にしつつもその周囲の人間関係にスポットを当てたためでしょうか。

暗い雰囲気でも基本は同じです。「主人公にしか見えないヒロインとなんやかんやあって、ヒロインが成仏できない理由が判明し、最後は成仏する」という感じ。
暗い雰囲気というかホラーの場合は、そもそも「主人公には霊感がある」という設定が多いので、「主人公にしか見えない理由」ではなく「ヒロインが現世を彷徨ってる理由」となります。
それほど暗い印象はないけど、漫画「黄昏乙女×アムネジア」とか「死人の声をきくがよい」あたりがヒロインが幽霊のホラーものですね。

他には「幻覚ピカソ」とか「カコとニセ探偵」とか、漫画ばっかですが、ヒロインが死人です。ヒロインではないけど「ヒカルの碁」とかもこの枠でしょう。
前述したタイトルもそうだけど、テンプレというか「幽霊モノだとそれ以外に選択肢がない」という展開なので、基本的な骨組みは全部同じか似通っています。
幽霊のヒロインが幽霊らしい問題を持ってきて、主人公が解決する。
主人公が問題に首を突っ込んで、止めようとするヒロインが幽霊の特徴を活かして助けてくれる。
これがテンプレだと思いますが、ただ、「ヒロインとなんやかんやあって」の部分で強い個性を発揮したり他作品との差別化を図っていたりするので、勝負するならソコですね。
「幽霊モノ」で勝負するんじゃなく、「なんやかんや」の部分。

「ネタが出尽くしてる」と書いたけど、補足すると、これは「設定」の話じゃなくて、「幽霊を題材にした演出は出尽くしてる」という意味ね。
「幽霊」というモノの特徴は定まっているので、これを武器にして展開できる「面白いこと」は出尽くしてる、という事。
ラブコメやハートフルの場合、ラストで成仏するなら友達に見送られてお涙頂戴のお別れシーン。成仏しないなら主人公にまとわりついてずっと一緒。だいたいそんな感じでしょう。

なので、例に出したタイトルはだいたい「幽霊が活躍する」のではなく「それを見ることができる主人公が活躍している」という話で、正しくは従来の「幽霊モノ」ではないと言えます。
「幽霊の話」ではなく「特別な能力を持った主人公の話」になっているので。
その中で「あの花」は幽霊の話をダイレクトで行ってるので、ド直球で王道という感じ。

ただ、別にテンプレが悪いわけではなく、それを利用して何をするか、が問題なので、そういう意味では「難しさ」は他ジャンルと大差ありません。
……しかしまあ、それで言っても「幽霊」は武器が弱いし少ないので、扱いにくいなとは感じます。