悪役の方が先に決まってるって、それは素晴らしいことですよ。
だって、主人公は必ず悪役を倒さなくちゃいけないんだから(別にバッドエンドでもいいけど)、まず何よりも「悪役を倒す能力を持つ」もしくは「これから身に付ける予定」のキャラにすればいいだけです。
あと、思いつかないのならとりあえず一般的な倫理観のキャラにすること。
逆に変な癖をつけてしまうほうが扱いが難しいです。
悪役を倒すこと、問題を解決することに一生懸命になっているだけで十分だったりするもんですよ。
まずは先に「その悪役を倒す方法」から考えていきましょう。