魔法とはちょっと違いますが、白血球に似た巨大な円形の物体が攻撃してくるという話を書いたことがあります。
人間という生物は自然環境全体を俯瞰する視点からは、正常なバランスから逸脱した病原体みたいなもの。それを治癒しようとする存在がもしあれば、容赦なく抹殺の対象にされてしまうというのが基本的なイメージです。
で、人間を防疫しようとする存在は意思や感情があるわけではなく、宇宙の免疫システムみたいなものから機械的に白血球もどきが送り込まれてきます。（『はたらく細胞!!』のように擬人化はしない）
自然のバランスを保つという基準から俯瞰すれば、白血球は正義で人間が悪。しかし、そうは言っても人間は人間で自己を防衛しなければならないので、人間を主人公に据えた物語的には白血球の方が邪悪な存在ということになります。作中では「ひょっとすると、邪悪な存在は人間の方なのかもしれない」ということを強調はせず、軽く暗示する程度にしました。

まあ、そういう発想そのものはさほど目新しくもないと思うので、それを土台にしてどんなストーリーを展開するかが勝負でしょう。
作品を構想するにあたって、超自然的現象の背景にある「善悪の原理」を設定してみた例として、あげてみました。