MF文庫jは最近、Web応募のみになったらしいですね。

（応募要項から抜粋）

（2）原稿（応募作品）

・PDF（.pdf）の場合

日本語の縦書きで、1ページ40文字×34行の書式で80～150ページ。ページ番号は必ず振ってください。
※MS word(.doc/.docx)、一太郎(.jtd)での受付は行っておりません。必ずPDFに変換してから応募してください。

・テキスト（.txt）の場合

1ページ40文字×34行で換算した際に、80～150ページとなるように収めてください。
（空白、改行等も文字・行数に含めますので、ご注意ください）

（抜粋、終わり）

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結論から言えば、要項にこう明記されているのだからtxtでまったく問題ありません。
「1ページ40文字×34行で換算した際に、80～150ページ」とありますが、あくまで「換算」です。仰るようにtxtでは文字数・行数・ページ数が無効になりますが、受け取った側で再換算できるから大丈夫。

＞主にwordを使っています。いろいろ調べてtxtファイルで保存しましたが,メモ帳で書いた小説が出てきます。

実はそれが一番良い方法です。上述したようにtxt入稿というのは本来そういうものなので、心配いりません。
（Windowsの「メモ帳」はtxtを開くための簡易アプリ。txtはワープロを含めて文章を扱うアプリならほぼ何でも開けます）

なお、要項にPDFかテキストと書いてある場合、個人的にはテキストを推奨します（理由は後述）。

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以下、説明。

データ原稿を受け取る側からしたら、

１）PDF

２）ワープロ原稿（Word、一太郎など）

３）txt

この３つのうち、どれが一番扱いやすいかご存じですか？

答えは３。txtなんです。PDFはヘタすると一番扱いにくいです。（用途による）

txtはレイアウト情報を持たない純粋な文字データなので、受け取ってから加工する必要がある場合の自由度は、これが最も高いんです。

しかし。

ビジネス文書をやりとりする場合は、Word・Excel・PDFが主流であることをご存じかもしれません。txt形式で書類を渡すことはまずありません。
これには理由があります。
ビジネス文書というのは「書式（体裁）」が重要なんですよ。ワープロ（Wordなど）やPDFはそれを正確に保持できるので、使われています。

ただし、それでもワープロは送り手側と受け取り側のパソコン環境が違うと（WindowsとMac・Linuxなど）文字化けしたりレイアウトが崩れたりすることがあるんですね。PDFは１ページが絵として固定されているのに近い状態になるので、体裁が崩れることはほぼありません。

で、MFの要項にもどりますね。

（再抜粋）

※MS word(.doc/.docx)、一太郎(.jtd)での受付は行っておりません。必ずPDFに変換してから応募してください。

（抜粋、終わり）

ワープロを受け付けないのは、上記のような理由と考えられます。

ただしですね。
応募者としては、特に理由がなければPDF変換なんて面倒なことをする必要はなく、txtで十分です。（応募者側が細かいページレイアウトにまでこだわりたい理由があるなら別ですが）
受け取る側にとってPDFのメリットがあるとしたら、文字数・ページ数が規定通りになっているかどうか分かりやすいくらいしか思い浮かびません。
しかしtxtでも、フォーマット通りに書式設定しておいたワープロで読み込むだけで一発で必要な体裁になるので、大した手間ではありません。ページ番号も自動で振られます。

結論。

上記要項の意味は、

・レイアウト重視ならPDF。

・自由度重視ならTXT。

ワープロは両者の中間で、パソコン環境によってはうまくいかないこともあるから、PDFかtxtのどっちかにしてね。

そういうことかと思われます。

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余談。

PDFファイルをダブルクリックするとedgeが起動するのは、マイクロソフトがそう設定しているからです。
Windowsはアイコンをダブルクリックした時に優先的に起動するアプリを決められるようになっています（既定のアプリと言う）。これはWindowsの「設定」から変更できますが、PDFの規定アプリを変えるためには何らかのPDFアプリをインストールする必要があるので、そのままでも良いのではないでしょうか？
PDFがedgeで起動すること自体は、別に問題ありません。そのPDFを他の人に渡した場合、その人のパソコンで別のPDFアプリが既定に設定されていればedgeではなくそのアプリで起動します。
そういうものなので、気にする必要はありません。