ラファエルかな？
私も２・３度見たくらいだけど、天使の名前なんて腐るほど使用されてきてるので、何も問題ないかと。
名前なんてなんでも良いので、愛着あるならそのままで良いでしょう。

余談ですが、天使の名前は普通に人名にも使われます。
マイケルやミゲルは大天使ミカエルの読みを変えただけですね。英語読み、ドイツ語読み等々言語によって発音が違うのでわかりにくいけど、ものすごい広く使われてます。
ラファエルはあんまないけど、女性名でラファエラとか略称でレイフとかラフィとか。
天使のエンジェルって単語自体、アンジェラとかよく使われてます。

先に使われたイメージの先入観なんて気にしてたら何も使えなくなっちゃうので、何も問題ありません。
そのイメージは、物語の中の雰囲気で上書きされるものなので、しっかりキャラを立てれば大丈夫です。
問題なのは「作者が気にしてる」ってことで、よく使われる名称だし、作者が思ってるより読者は気にしてないので、作者自身がどっかで吹っ切れるしか解決法はないでしょう。

どうしても気になるなら、前述した略称で呼ぶキャラを配置するなど「正式名称はそのままだけど親しい人は愛称で呼ぶ」などが違和感ない工夫じゃないでしょうか。