あれ、スレ主さん何年か前も同じ質問してなかったっけか。主人公の欠点はどう作ればとかそんな感じの若干方向性が違う質問だったかな。

否定から入っちゃう感じになるけども、まず、
＞物語の基本は、主人公が障害と危機を乗り越えることです。
確かにそうだと思うけど、正確には「一番わかりやすい簡単な形式」であって、別にそれが基本形ってわけじゃないと思うかな。
いや、うーん……基本形は「問題」があってそれが「解決」される形だと思うんだけど、その「問題」に障害が当てられることが多いのは確かだし、基本形と言えば基本形か。

なんでここに引っかかったのかというと、物語の切っ掛けは何かしらの問題、言ってしまえば「物語を始められる引っ掛かり」があればいいだけだから、スレ主さんはそこで「障害でなければならない」と考えが固くなってるんじゃないかなーと思ったためです。

「障害」は確かに物語を面白くする要素です。なくてはならないと言ってもいいかもしれない。
では、例えば「浦島太郎」の場合は何が障害になっていると考えられるか。
浦島太郎は亀を助けて竜宮城へ行って乙姫の歓迎を受けて、その後村へ帰ると数十年の時が流れていたって話だけど、浦島太郎は竜宮城で乙姫の歓迎を受けたときに満足して「もう帰りたい」と言うが乙姫は帰してくれず「どうしても」となって玉手箱を貰って帰ることになる。
つまりは浦島太郎が帰るにあたって「乙姫」が帰そうとしないので障害になってる形と言える。
ここで考えてみる。
「浦島太郎」は、別に「障害」がなくても話として成立してないか？
「もう満足したから帰りたいです」「わかりました。お土産の玉手箱です」はいさようなら。で、「話」としては何も変わらず成立してる。
でも、確かに、「竜宮城での歓迎は故郷を忘れるほど楽しいものだった」とか「乙姫がすがって浦島太郎を離そうとしなかった」とか、そういう話があったほうが面白い。

つまり、「障害」とは、なにも物語を成立させるための基本形に組み込むものではなく、成立した物語をよりよくするためのツールなんだ、ということではないでしょうか。

では、ここで「障害」とはどう作るべきかと考えてみると、「浦島太郎」の場合は「浦島太郎が村に帰りたいと思う」から「帰さないようにする」が障害たりえている。
そして、「浦島太郎」の話の面白いところは「竜宮城で体験したことのない夢のような歓迎を受ける」というところで、浦島太郎はそんな夢から覚めるように「帰りたい」と言い出すわけです。
だからここの乙姫という「障害」が面白くなるし、お土産の玉手箱にどんな意味があるのか解釈されたりするわけです。
浦島太郎の分析を要約すると、「物語の面白味ないし物語の目的」に対して「そうはさせない事」が「障害」になる。

どうもスレ主さんの思考では、「最強主人公を活躍させたい」という考えがあって、そこからすぐに「活躍させるためには障害を用意しないと」となっているように思える。
いま考えてるそれは「物語を成立させるための要素」であって、いわゆる「障害」ではない。
「障害」は、そもそも「主人公の目的」や「物語の目的」が前提にあって、「物語の面白味・見どころ」に関連して「目的を達成させないような底意地の悪い要素を配置する」という事。

だから、「主人公が活躍して戦闘で敵を倒して問題解決する話」であれば、「障害」は「簡単に倒せない敵」とか「敵を倒すだけでは解決しない問題」とかってことになりやすい。
で。
ようやっと本題なんだけど、そういう「障害」を用意すると最強主人公が苦戦したりして最強っぽく見えないからどうしたら良いだろうか、って話だと思う。
パッと思いつく解決策は２つ。
一つは、
＞読者をハラハラさせられないのではないかと考えました。
そもそも読者をハラハラさせる必要がないってこと。
最強主人公を読む読者はやはり「主人公が最強であるところ」を見たいわけですから、この思考の時点で「作者がしたいこと」と「読者が読みたいもの」のバランスが取れてないと言える。
だから、「読者をハラハラさせる」という思考を捨てる選択が許容できるのであれば、むしろ「障害」を逆手に取ることが物語を効果的にさせる。
つまり、「障害」は山ほど用意する。けど、そのどれもが主人公には効かずあっさりとポンポン簡単に障害が取っ払われてしまう。その「せっかく用意した作戦が」とか「こんだけ前フリして強い敵アピールしたのに」とか、呆れるほど強い主人公像を見せて読者に楽しんでもらうという手段。
まあ、これはワンパンマン形式ですね。
もう一つは、
「最強主人公」という要素とは違うところに「障害」を用意する。
これはスレ主さんは１００％拒否すると思うんであくまで例えばの具体例でしかない例だと強調するけど、
「世界最強の男、だけど童貞」として、ただかっこ良いからというモテたいからという思いだけで世界最強にまでなった男って設定。
こうすると、例えば「セクシーな女の敵」が出てくるだけで主人公にとっては「障害」になる。
別の例えをすると、「最強の主人公」が「最弱の幼女」を保護する、みたいな形。主人公自体は最強なんだけど幼女を守るとなると、「最強な主人公」とは別のところで「幼女がピンチ」っていうウィークポイントを作れる。
こうすると「幼女を助ける」が主人公の目的になるから、「簡単に助けられない事」が障害になって、例えば「実は主人公の気を引きたいがための狂言誘拐」とか「誘拐自体は事実ですぐに助けられるけど、犯人がアホすぎて無害だからほっといてもいいし幼女の危機感を煽る良い機会かも。まあ万一のため監視だけしておくか」とか。
こんな感じで「最強主人公」と分けて障害を考える形。

まあぶっちゃけ、なんとなくだけど、スレ主さん、「一個のエピソード」だけで表現しようと考えてるんじゃないかなぁ、と感じる。
いま２つの解決策を提示したけど、これどっちかを選ぶとかじゃなくて、こういうネタで両方とも書いて、さらに「普通に最強主人公が苦戦するような敵」を障害として書いたりもして、そういう積み重ねで、おそらくいまスレ主さんがイメージしてる「主人公最強作品」の印象は作れると思うよ。
「主人公の最強っぽいエピソード」を作品に散りばめれば良くて、「最強主人公の姿だけ」を書かなきゃいけないわけじゃないからさ。
「読者がハラハラするような展開だけど主人公が最強っぽくはないエピソード」もあるし「読者はハラハラしないがスカッとする展開で最強主人公を描くエピソード」もあるし、そういうものが長編サイズでもあれば小ネタ程度にエピソードに挟むサイズであることもある。こういったことの積み重ねであって、「こういうのを書けばいい」と一個の何か正解があるわけじゃないと思うよ。
それじゃ、むしろキャラに立体感がなくなって面白くなくなると思うから、もうちょい柔軟に考えたほうがいいと思うかな。