戦闘において絶対に負けない主人公にとっての困難や危機とは、いかに戦いに参戦できるかどうか、だと思います。

主人公は最強なのですから、戦いにおいては負け知らず。
であるならば、そんな主人公を敵に回す羽目になってしまった敵は、いかに主人公とのの戦闘、衝突を避けるか、という見せ方が出来るかと思います。

マニアックな例を出すと、かのルパン三世の原作では、最強でこそないものの、主人公のルパンの宿敵である銭形警部は、ルパンの手の内を易々と見抜き、容赦なく追い詰めてくる強敵として描かれています。

従って、ルパンはいかに銭形警部が現れる前に仕事を終え、逃げるかという事に重点を置いています。

この例を基に話を戻しますと、
主人公は最強であり、参戦出来さえすれば勝利を納められる。
が、敵の戦闘力では突破できない策略や罠に阻まれ、駆けつける事が出来ない。
刻一刻と状況は悪化していく。
間に合うのか――！？
みたいな感じがよいのではないかと？

あるいは主人公の関わってない、知りえない場所において物事が進行していたり、

複雑な事情や情勢などの関係で、軽率に戦闘を始める事が憚れる、などですかね？

「戦いさえすれば、主人公は強いのに」

と読者をもやもやさせておいて、あとで最強主人公の無双をこれでもかと披露し、カタルシスを与える、という手法です。

あとは最強であるが故の立場や状況、精神的な悩みや、戦闘において最強であるが為の代償を克服するなど、意外と戦闘においては最強でも、乗り越える危機や困難は結構描けると思いますよ。

長文失礼しました。