う～ん、でもぶっちゃけると他に方法は無いと思いますよ。

キャラクターとシナリオに食い違いが出るのなら、どちらかを修正する必要があります。
それは、プロの方でも良くある事です。

作品が人気になって、長期化したり続編やらスピンオフやらリメイクが出る様になると、修正や後付けをしまくった結果、矛盾だらけで収拾が付かなくなるなんてのは珍しく無いですからねｗ

結局のところ、キャラクターを取ってシナリオを変えるか、シナリオを重視してキャラクターを変化させるか、どちらかしか無いです。

そのまま無理に突き進むと、脱線しますよ。
言うなれば、在来線に新幹線を走らせる様なものです。

あなたも事故りたくは無いでしょう？ｗ