私ならですが、自分では分からないと思ったら、知り合いの創作仲間か、有料で批評している方に頼んで直接応募ファイルをチェックしてもらうかもしれません。

あと、①～⑤の中で、フォントのチェックがなかったんですが、フォントは何を使用されていますか？

一応思いついた確認方法を書いておきますね（私自身ワードユーザーなので、スレ主様と環境が違ったらすいません）。

ｐｄｆファイルに変換する前の元のファイルを開いて、
全部の文字を選択したあと、フォント設定をもう一度やり直します（プロポーショナルフォント以外のフォント）。
再度ｐｄｆファイルに変換して、
前と後でファイルに変化がなければ（特に最後のページの文字の位置が変わっていない）、文章の途中でフォントが変わってなかったと確認できたと思うので、特に問題はないと思います。