なるほど…ありがとうございます
さらに踏み込んだ質問よろしいでしょうか。

質問内容に関わってくるAとB及びDの性格について(Dについては後述します)
A：一言で言えば天真爛漫系。仲間というものを大切だと思っており、みんなで行動したい
B：クール系。仲間とかどうでも良い系。一人で行動したい
D：いわゆるお馬鹿キャラ。A以上に活気盛んで、AとBの仲を良くさせたい

一点目。
>主人公とＡのメインストーリーを阻害する波乱要因として扱うのが適当なんじゃないかと。であれば、引っかきまわされて困惑した主人公が状況を打開するためにＢにも深くアプローチしていく。その過程で真相がだんだんわかっていくという流れにする
について
私が現段階で書いてるストーリーとしては、BがAを殺しかけ、主人公がここからAを助け出すシーンがあり(ここでページをそれなりに割いてる。ラノベ新人賞ゆえ、ページ数上限があります)、それを機にA,B及び主人公が関わり合っていくのですが、当該シーンは控えめにして、Bの身勝手さに重きを置いた方が良いでしょうか。
つまり、Bとの関わりについて主人公とＡのメインストーリーを阻害する波乱要因として扱うために、
①BがAを急襲する
②Aはそれを回避し、何とかして形だけのグループのようなものを作って行動していく
③Bは誰かと一緒に行動するのが嫌であるため、自分勝手に動く
④主人公がBに働きかける
以下③と④の繰り返し
といった具合に展開していくのが妥当ということでしょうか？(番号はストーリー順)
そしてストーリーを展開していくなかでBの思惑たるものが、主人公との関わりを通じて読者に明らかになっていく、ということでしょうか。
一応①の時点でBの謎めいた行動として、読者が興味を持ってくれそうな気がするのですが

二点目。後半(中盤辺り)の方でもう1キャラ(D)が出てくるのですが、DがAとBに働きかけつつ上記の③と④を繰り返していくような形が望ましいでしょうか？
ちなみに主人公とDの関係性については、主人公側からDに関わりに行きたいと思えるような設定にしてるので大丈夫だと思います。
主人公はケモ耳好きで、Dは獣人。とある事情から、Dを守りたいと思うようになる(主人公とメインヒロインAの関係については、主人公がAを守りたいというものではなく、元々はAが主人公を守るという契約たるもので関わりを持ち始める設定です)
上記括弧書きについて、主人公がDを守るというなら、メインヒロインたるAとの関係性はどうなのかとツッコまれそうなので、念のため言及しておきます

(以下参考までに…)
物語の最終地点としては、
・主人公,A,B,Dが協力し合って、Aの探しているものを見つけて、Aの弊害等(不老など)が消え去ってAにとって普通の生活が戻ってくる
にする予定です