＞比較は元の作品と自分の作品を比較して、「ここは似すぎてるから修正しよう」ということでしょうか。

それは少し性急。
分析というのは、修正する前の段階でやることです。どこがどう似ているのか見極めないと修正のしようがありませんから。
で、見極める方法は色々あるでしょうが、先に話題になっていた「抽象化」もその一つだと思いますよ。

＞参考作品の展開「過去にヒロインを苦しめた現在になって敵が現れ、それを倒しヒロインを助ける」
↓
＞自分の作品の展開「ヒロインを苦しめている呪いを解き、助ける」

あくまで一例ですが、書きたいのが「苦しんでいるヒロインを助ける物語」なのだとしたら、ヒロインを苦しめているものについてはバリエーションはいくらでもあるはずです。彼女は因習に凝り固まった厳しい親に束縛されているのかもしれないし、冤罪で投獄されていて主人公が潔白の証拠を見つけないと１週間後に死刑になるのかもしれません。

そういうことが思いつかなかったら、要素を逆にしてみるという手もあるという話。
例えば元ネタが「過去にヒロインを苦しめた敵」なら、「過去」を「未来」に変えたらどうなるか考えてみます。
未来の敵って何でしょうね？
予知夢に現れる恐ろしい怪物とか、ヒロインは実はタイムマシンで未来からやってきたとか？

＞エヴァなら、ロボットものからミステリーにして主人公シンジ君が裏組織のボスで～

単にあれこれ変えて組み合わせるだけで別のストーリーができるわけではありません。
変えることが目的なんじゃなくて、固定観念をこわして新しいアイデアを引き出そうということです。