たぶん、創作仲間に敵キャラを主人公にしたほうがいいと言われたのは、その設定だけで話が書けちゃうからでしょうね。

敵キャラにするなら、こんなに複雑な設定は不要じゃないかな？と思います。
なので、必要だと思う部分を抜き出してみました。

「主人公と同じクラスの少女。本当は由緒ある名家の娘だが、訳あって一人暮らしをしている。実は、妾腹の子であり、母に先立たれて、一族から虐げられていた。
ある事件に遭遇してから、謎の組織に、宇宙人に対して特別な干渉作用がある深月の特殊体質が目的で保護される。組織の幹部や隊員が次々と命を危険に晒し、深月は『無価値な自分に存在意義を見出してくれた皆んなを守りたい』という思いから、嫌っていた自身の能力を発揮して戦闘に身を投じていく。」

敵キャラの話も面白そうですが、特殊な環境にいる彼女を主役にするなら、それに感情移入させるだけの高い執筆技量も必要となると思うので、
自分の執筆経験と相談して決められてはいかがでしょうか？