設定が二重構造になっていますね。
オミクロンさんが構想されている世界は、「神」によって歪められた世界です。したがって、どこか不自然な感じがある方が自然です。転移者である主人公が度々疑問をいだくと書かれていますが、その疑問こそがストーリーの本筋であるはずで、この段階で読者が納得してしまったらむしろ演出ミスということになりませんか？
主人公が疑問を抱いている段階では、読者も歩調を合わせて疑問を抱いてくれないと困るわけです。文明の発達や浸透の度合いに奇妙なむらと齟齬がある。そんな違和感をさりげなく抱かせ、ラストで一気に視界が開けたときに初めてすべて納得できる。そんなふうに誘導しないといけないんじゃないかと。

なので。

＞以下のように「設定」することによって、これらに一定の納得を付与することが出来るのではないかと思いました。
＞この「設定」は読者として納得のいくものでしょうか？

との質問ですが、これは曖昧な設定に納得を付与するというような話じゃないと思うんですね。
納得できない設定を意図的に読者への謎として提示し、ラストで真相を明らかにするという構造でしょう。つまり、設定ではなくプロットで納得させなければいけないのだと思います。
そういう話だとすれば、説明を読ませていただいたかぎりでは機能し得るものになっていると思いますよ。
ポイントとしては箱庭の中の論理なんか矛盾していたってかまわないわけで、その箱庭を作っている存在をどう描くかの方が重要じゃないかと。