＞"軍隊という企業"の中にある、
軍の場合は企業とは構造がやや違うので、大戦時の「陸軍科学研究所」が良い参考になるかと思います。
映画なんかでは研究職員も全員軍服を着てたりするし、旧日本軍の仕組み的に全員が日本軍所属だったのかもしれません。この場合軍医などと同じ（軍医は階級こそ高いけど部隊の指揮権はないなどちょっと特殊）でしょう。
民主主義の、例えばアメリカ軍なんかでは少将クラス以上の人物が所長の席に座り幹部クラスは全員軍属ですが、多くいる研究職員は軍と契約してるだけの一般人ですね。
軍属ではないので、目上の人間は上官ではなく上司となり命令に従う義務はなく、まあ逆らえば最悪クビだけど、逆らったことで軍法で裁かれることはない。「私は軍属ではないから、その命令に従う義務はない！」などというセリフが言えるわけですね。
研究部の話を考えているなら、「軍部」と「一般」が入り交じる環境で、仲が良いキャラでも思想や立場が決定的に違う状況下を作れるアメリカ式のがドラマを作れて良いだろうと思います。
また、陸海空と所属によっても違うと思われるので、基礎研究は総括しやすい陸軍が、応用研究は個別でそれぞれ研究部を持っている、という感じなんじゃないかな、と。これはイメージでしかありませんが。
基礎研究も、例えば航空関係の基礎は陸軍ではなく空軍とか、案外しっかりまとめられていない印象です。
どんな組織でも大きくなれば一枚岩の組織じゃなくなるんで、それぞれの部署のトップがその権限で自分の研究部署を持ってるんじゃないかなと。

このあたりの設定の参考は、まあぶっちゃけザルだけど雰囲気だけは十分でてて面白い作品で、海外のドラマ「スタゲートSG1」というのがオススメです。シーズン１０まであって見るの大変だけど。
エイリアンテクノロジーを探索・研究して敵対エイリアンと戦うって内容です。未知の技術や不思議アイテムが話のテーマになるので、軍部内の研究関係が話題になることも多く、参考になるでしょう。
けっこう古い作品なので、面白いかどうかで言ったらB級を楽しめる人には面白い、という感じです。