矛盾はどうやったってしますね！！
確かクトゥルフでも、設定について交友関係が崩壊するレベルの仲互いが起きたと何かで聞きました（笑）

更に面白い物語を作ろうとすればするほど設定の【穴】をほじくり返したくなるのが基本ですから、【あまり同じにしなくていい】くらいの気概を持ちましょう。
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そういう意味では多神教における流派分けが似てるかも。
インドの神話をいくつか読んで混乱したことがあるんですが、インドの主神ってイマイチどなたか分かんないんです。

ノリでいうと【創造の神】【破壊の神】【善と維持の神】【雷と戦いの神】
がいるうえに、それぞれが「俺がボスだから」「「「ははーっ！！」」」みたいな物語ばかり。矛盾出まくり。

たぶん元のインドが多民族国家だし、マハラジャという地位が国王であり貴族（でも高位僧よりは下のカースト）である、みたいな微妙なポジションがあるから、インド神話というシェア・ワールドに主神というのが出来なかったんですね。

ギリシャ神話では、雷神が父である時空神を殺すことで主神につき、父を殺す度胸が無かったり、負けて捕まっていた兄神達は雷神の下につきます。北欧神話やエジプトなんかも似た感じ（親殺しや兄弟殺しにより主神が発生）です。

さらに、ローマ帝国あたりがシェア・ワールドしていたギリシャ神話は、侵略に成功した地域の神さまは木っ端神として神話に組み込んじゃってますし、キリスト教なんかは悪魔にしちゃってます。

神話とはシェア・ワールドなのです（笑）
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なので、多神教みたいな複数の神や流派を保有する設定が大事だと思います。
あえて唯一絶対みたいな要素を減らし、なんか矛盾が出ても【その矛盾を解き明かすことが真理なのだ】とか言って、ぶん投げとけばいいと思う。

インド神話なんか【善と悪の戦い（アスラＶＳ神）】【戦場はゲーム世界（人間の世界は、神にとってネトゲーに近い）】くらいしか決まっている設定ない。

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むしろ、シェアワールドにおいて『こだわり過ぎる』ことの方が危険。

シェア・ワールド系の破綻理由は「俺が作ったこだわりのキャラや設定に、いらん加筆修正された。ショックだし不愉快→閉鎖や退会」になる事です。

設定は蹂躙される積み木のお城みたいなもの！！と笑えるくらいの心易（やす）い気持ちで作ろう。