煮詰まってるようにも見えるので少し斜めに飛んだ意見をば。
ロックマンをほとんど知らないので、解釈違い等あればすみません。

個人的に代田さんの設定で疑問に思ったのは『俺がその怪物なら、わざわざパソコンを製造している大企業に干渉・潜伏しないな』という事でした。

理由は『寄生体を回収して（おそらくデータ回収に伴う自己進化をして）単為生殖をする』『一定の戦力を用意して人類を滅ぼす/自身の生存圏を確保する』という目的から考えて『準備が整うまで、人類に明確に敵として認識されるのは避ける』必要性があるからです。

現代は監視社会であり、監査社会です。大企業は常に株主総会や取引先に見張られていて、製造業と考えればパーツの購入等他企業との取引も決して少ないとは言えません。
また、もしパソコンへの寄生が露見した際、真っ先に疑われるのは製造元です。
見られるという事は『計画が露見するリスクが高まる』訳ですから、個人的には草の根作戦を押したい所です。

そしてもう一つのポイントとして『パソコンなどの電子端末に寄生できる小型の怪物』を培養するなら、別に大規模な施設は必要ないと思います。
というか、菌糸に相当する物を培養するなら屋内農園とかビル農業と言われてるような『人工的な明かりと培養液を用意して棚で分体を育てる』状態で良いのでは？

また、電子的な面の研究についても同様です。大型の研究施設は排熱面と停電によるデータの一斉削除のリスクがあります。大型コンピュータを用意するよりも『ターミネーター』のスカイネット方式で寄生したPCの残余領域を利用して研究を進める方が安全で、しかも早い気がします。

というか、人類からの反撃のリスクを考えると根本的に『緊急避難が出来ない大規模な施設』を前提にする事が危ないと思います。『露見して、ミサイル撃たれて、ハイ終わり』は嫌ですからね。

その上で潜伏場所のアイデアを考えると『決起時の首都攻撃を考えての潜伏』『パソコンの流通に干渉可能』などの要素から、『都内にあるビル農園』を第一潜伏場所、『パソコンの修理・下取りをやっている企業の流通センター』を第二潜伏場所とするのが良いように思います。

前者については大学の農学部研究棟などの『屋内で小規模な農業をやってる』感じの場所、後者はアマゾンとかの機械関係の流通センターでも良いかもしれません。

その上で『ラスボスの居る研究施設ステージ』の演出として提案するのは、ズバリ『一見平常運転に見えるけど狂気が潜んでいる場所』と『寄生された人々の異常な行動』です。
前述の通り、大規模施設は露見と一網打尽にされるリスクがあります。そこで、設備による演出を抑えて、細かい違和感での演出をしたらどうかと思います。

想像してください。業務に必要ないはずなのに職員全員がヘッドセット（洗脳装置）をつけている不気味さ。人がたくさんいる流通センターなのに話し声はまったく聞こえない。建物の端には従業員延命用のカロリーバーがうず高く積まれている。
他方の屋内農園でも、ただ棚でキノコを育てているように見えて、飼育員が覗き込むと不気味な怪物がじっと見つめ返す。しかし職員は何の反応も示さない。
部屋の隅では職員がパソコンで偽の営業データを打ち込んでいて、その様子を部屋の最奥から『本体』がじっと見つめているーー的な。
あとはモブの描写として仕事に不真面目だったはずのバイトがいつの間にか無言で働き、あるいはバイトを始めてから一切合コンに来なくなった友達がいたりしてもいいかもしれませんね。

あとまあ、主人公をそこそこ助けてくれたジャンク屋の店員が実は洗脳済み&ラスボスの望む方向に主人公たちを誘導していた的な展開があると美味しいなと思います。

そういう感じの演出、いかがでしょうか？