やり方次第でいくらでも、という気もします。
　例えば作者の方が沢山の作品について知識があるという自信があれば多彩な作品のパロディやオマージュをありったけ詰め込まれているだけで作品の売りになりますし。

　パロディの方向性を避けるにしても換骨奪胎などは有用なアイデア出しの方法の一つでしょう。
　「自分の作品にもこんなキャラがいたら」と思うような人物の性別や年齢を変えてみたり、出身地を変えてみたり、一人のキャラの特徴を複数の人物に割り振ってみたり逆に全く別のキャラの要素を一人に合体させてみたり……。
　世界観や人物以外の設定作品のジャンルなどでも似たようなことをすれば一つ一つの設定の要素の被りはほとんど気にならなくなるかと。別々のモデルを3つか4つ組み合わせるだけでだいぶ元ネタも想像しづらいような別物に変わってくるんじゃないでしょうか。

　Diesキャラとかの能力も大雑把な特徴で考えると「死者を操る」「部下の能力を自分のものとして使用」「即死攻撃」「必中攻撃」「絶対回避」「時間停止」等々それ自体はありふれていてそこまで突飛なものはそんなに無かったような気がします。キャラの経歴や性格、台詞などとの組み合わせによって他にない魅力が出来上がっているのであって。

　設定や要素の被りそれ自体よりも「これをこう解釈するのは俺ならではの思い付きだ」「まったく接点のないように見えるこれらを組み合わせられるのは自分の発見だ」「ありきたりなこの要素をこんな表現できるのは私だけだ」といった材料の組み合わせや調理の仕方等の自分の作品ならではの要素があるかどうかがオリジナリティとして重要なのでは。
　言ってしまえば自分の好きなキャラ（を元ネタにした人物）をありったけ集めて英雄大集合や怪獣大決戦みたいな作品になっても全く別々の元ネタの中から貴方の好きなものを組み合わせられるのは貴方だけ、なのではないでしょうか。