それはアイデアの整理というより、ストーリーの作り方を知らないのだと思います。
まず基本的に知っておいてほしいことは、ストーリーというのは「誰（たいていは主人公）が何をやったのか」ということを繋げて作るということです。なのでアイデアを思いついたら、次にそのアイデアにからんだ行動をさせやすそうな主人公をイメージしてみます。例えばアイデアの内容が異世界ファンタジーの舞台設定に係わるものなら、その世界の中で活躍しやすそうな主人公はどんなキャラクターなのか考えます。
あるいは斬新な能力を秘めた武器のアイデアを思いついたとしたら、その武器とマッチしそうな主人公をイメージするか、または逆に何かの理由でその武器を使えない設定を主人公に与えます。後者がわりとお勧め。使いこなせば絶大な威力を発揮する武器なのに、主人公には使えない。そういうことにすれば、じゃあどうやったら使えるようになるかという試行錯誤のプロセスそのものがストーリーになるからです。

アイデアの次には、それとからませた設定の主人公を作る。後はその主人公に何をやらせるかです。
これも基本的なコツがあります。まず主人公の目的を作り、次にその目的をはばむ障害を作るんです。その障害を乗り越えるための行動の一つ一つがストーリーになります。